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zhen_fang

银虫 (正式写手)

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专业: 微生物生理与生物化学

[交流] 大家在做蛋白同源模拟的时候，如何把不同结构域的分别建模连接到一起？

我正在学习做同源建模，目标序列比对时，发现前面300多氨基酸与A蛋白有最高47%相似性，而后面100个氨基酸与B蛋白有较高的相似性36%。我的蛋白有两个区域，前面300个氨基酸和后面100个氨基酸。请问这种情况，我如果选择根据AB蛋白分别建模，获得的不同区域结构模型，我如何将他们连在一起？然后可以继续做MD等后续工作。
有什么方法或者软件可以完成？谢谢了。easymodeller我也在用，可是里面的aglinment在序列比对时，后面的100氨基酸结构总不能和目标序列重合比对。。。

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1楼 2014-05-21 10:39:47

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zhchzhsh2076

★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与

3楼2014-05-21 10:57:47

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假大空

★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与

4楼2014-05-21 11:03:30

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