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1296785943

铁虫 (初入文坛)

[求助] PET28a重组质粒酶切后有三条? 已有3人参与

酶切体系:
            质粒                     6 μl
           10*Buufer             1 μl
           bamH1                0.5 μl
           sal1                     0.5 μl
           ddH2O                   2 μl
   37℃酶切1.5h
  
酶切结果如图片

条带顺序:
右边开始依次为:marker  酶切前、酶切后,依次类推共28 个样。此后两个样为空载酶切前,空载酶切后。

问题:1、为什么酶切后大多数成3条带(目的片段中没有上述酶切位点)?
           2、酶切前的质粒条带为什么比酶切后的条带还要小?


请各位高手指点迷津,谢谢!!!
PET28a重组质粒酶切后有三条?
201400306meiqiejianding.jpg
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 1296785943 at 2014-03-09 10:36:50
是15000的maker,前面三条挨得很近,我用120V跑胶跑了半个小时。请问怎样改进可以跑得好些?谢谢!!!...

90V,35-45min跑,0.8%的胶。
你试一下。
8楼2014-03-09 19:29:01
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查看全部 11 个回答

youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-03-07 12:02:01
1296785943: 金币+5, 有帮助 2014-03-09 10:01:50
你的问题
1载体酶切后一般是两部分,一大一小,如果总是三部分,不排除你的质粒上发生了突变,产生新的位点
2质粒环状跑得快,线性载体跑得慢。切开后,往往会出现质粒大小在中间,载体在上面,目的片段在下面的情况

额外说点
1 我觉得你的体系小了点。
我作载体酶切,一般都是十几二十的质粒,然后酶量也少了些,多加点
毕竟酶切后,电泳上样要多点
2 貌似你的电泳效果不好
可能问题是制胶问题,以及电泳液不干净
3 我经常过夜酶切
天行健
2楼2014-03-07 10:42:41
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liulugang

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-03-31 15:31:51
第一个问题:一种是你双酶切体系问题,酶切不完全,存在未被双切的质粒,所以有3条带;还有一种可能就是质粒上碱基发生了突变,产生一个BamHl或者Sall的酶切位点(这个可能性很小)。
第二个问题:质粒被切成线性,比未切之前(超螺旋)跑的慢是没有问题的。质粒有三种构型。第一种是共价闭合环状DNA(covalently close circular DNA,ccc DNA),它的两条链都保持完整的环状结构,通常呈超螺旋构型。第二种是开环DNA(open circularDNA,oc DNA),它的双链中的一条保持完整的环状结构,另一条单链上有一到几个切口。第三种是线状DNA,这种质粒的双链断裂呈线状。这三种构型的同一种质粒在琼脂糖凝胶中电泳时,出现不同的迁移速率,走得最快的是超螺旋构型,其次是线性构型,最慢的是开环构型。

PS:楼主的双酶切体系模板量太大,10ul总体系太小,建议重新更换体系试试。
3楼2014-03-07 12:43:57
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鬼羽帝魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流! 2014-03-31 15:31:40
你的胶跑的不清楚,没有拍摄清楚,没有调节清楚模糊的那个按键吧?
跑胶时间太短了,marker 都还没分开。
1.酶切后大多数成3条带,说明你的载体上 bamH1、sal1其中的一个酶有2个酶切位点。        或者,你没有酶切完全,这样就有3条带:质粒(单酶切的)、载体、目的片段。
质粒 6 μl大约是多少ng?bamH1  0.5 μl+ sal10.5 μl切的是<=500ng的质粒。.
2.同2.3楼。
4楼2014-03-07 15:02:31
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