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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 请问qRT-PCR的标准曲线中扩增效率过高是怎么回事 已有3人参与

我在做4个目的基因和一个内参基因qRT-PCR的标准曲线时,扩增效率全部都超过了120%,最高的甚至达到190%。我现在唯一能确定的就是在加样的过程中不同稀释梯度(10倍的梯度)的模板cDNA在加样过程中有相互污染,所以Ct值也不成线性的变化。我现在就是再重新做并严格避免污染,但是除了我确定的这个原因,还有其他的一些什么原因可能导致了扩增效率过高呢? 请有经验的高手指教,非常谢谢!

还有一个问题,就是我的内参基因本身的丰度比其他4个目的基因的高很多,因为即使模板稀释了10^5倍了,但Ct值也没有超过20,而其他的目的基因的Ct值都在24到31之间,这种内参基因和目的基因本身的丰度悬殊这么大,这样的内参可以用来作为内参吗?是不是找一个与目的基因相当的才行呢?感谢解惑!
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-02-26 08:20:53
wybiology: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-01 15:23:56
...
    1. 引物不合适,不仅仅有扩增效率不够100%的情况出现,同样也有扩增效率超过100%的情况,普通认为90~110%的扩增效率比较合适。你的扩增效率过高,你需要在引物上下下工夫。
  2. 这样的内参肯定不合适,内参有很多,建议第一次做的时候,多上几个内参(3个左右)一起看看比较合适。
  祝实验顺利,说的不周之处希望高手指点
Let God do with it as He wills
2楼2014-02-25 20:22:54
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-26 08:20:57
wybiology: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-03-01 15:24:50
引物不好,我们做定量之前都要把引物效率测出来在做。
hehe
3楼2014-02-25 20:25:58
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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-02-25 20:25:58
引物不好,我们做定量之前都要把引物效率测出来在做。

你好!感谢您的解答,我初次接触这方面的实验缺乏经验,再请教一下有什么合适的方法可以检测引物的扩增效率呢?从哪些方面获得该引物扩增效率在合适范围或不合适的结论?谢谢你对该问题提出的宝贵意见或建议
4楼2014-02-25 22:33:54
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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2014-02-25 20:22:54
...
    1. 引物不合适,不仅仅有扩增效率不够100%的情况出现,同样也有扩增效率超过100%的情况,普通认为90~110%的扩增效率比较合适。你的扩增效率过高,你需要在引物上下下工夫。
  2. 这样的内参肯定不合适,内 ...

您好!感谢您的解答,我初次接触这方面的实验缺乏经验,再请教一下有什么合适的方法可以检测引物的扩增效率呢?非常感谢您对该问题提出的宝贵意见或建议
5楼2014-02-26 15:28:00
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jiaolong11a

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-02-26 18:12:26
wybiology: 金币+2, ★有帮助 2014-03-01 15:24:20
是用的染料法吗?如果是可以看一下溶解曲线,是不是一个峰?一般扩增效率高要么扩增了非特异带,要么就是引物二聚体
多情总被无情扰。。。愁
6楼2014-02-26 16:06:58
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wybiology at 2014-02-25 22:33:54
你好!感谢您的解答,我初次接触这方面的实验缺乏经验,再请教一下有什么合适的方法可以检测引物的扩增效率呢?从哪些方面获得该引物扩增效率在合适范围或不合适的结论?谢谢你对该问题提出的宝贵意见或建议...

用引物做一个相对标准曲线,斜率就是引物效率
hehe
7楼2014-02-26 21:35:00
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by小宁

木虫 (初入文坛)

亲  请教下  你的问题怎么解决的呢?
8楼2015-07-08 14:41:20
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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by by小宁 at 2015-07-08 14:41:20
亲  请教下  你的问题怎么解决的呢?

引物确实有问题,而且还有非特异性和二聚体。所以重新设计引物
9楼2015-09-04 13:00:31
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