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gaoyu_1984

金虫 (小有名气)

[求助] rt-qpcr标准曲线问题

大家好,最近在做rt-qpcr,用了很久的标曲RNA样品(最高浓度约为90ng/uL,稀释5个梯度),两周之前一切正常,慢慢就开始最低那个浓度梯度不能扩增,后来迅速发展为倒数第二个也不能扩增。标曲只剩下了3个点。以为是RNA降解了,于是重新制作了标样,浓度约为300ng/uL,可最低两个浓度还是不能正确有效扩增,前面三个浓度CT分别约为(18.75,20.74, 24.54)
于是又考虑probe,primer,RNase free water污染等原因,重新取了primer和probe stock(开封半年,-30度保存),还是一样。然后又用了新kit,全部使用了带滤膜的枪头,可还是一样。
kit: platimum quantitative rt-pcr thermoscript one-step system (invitrogen)
还请明白人指点一下那里可能出了问题。
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-28 19:58:10
我个人不太理解楼主的实验,我说下我个人做这方面实验的过程,希望有参考价值。
1. 采用绝对定量的方法的时候,做标曲所采用的是标准品质粒,10倍浓度稀释
2. 相对定量的时候做标曲所采用的标准品是反转录而成的cDNA,也是同样稀释。
楼主所采用的RNA来做标曲,理论上也是可以的,但操作不好的话可能真的会讲解。

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风雪夜归人
2楼2013-01-28 16:40:23
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
rna浓度越低越容易降解,这是一方面
另一方面认真回忆回忆你的实验操作步骤,和第一次成功的那次比对下

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

生物化学与分子生物学
3楼2013-01-28 17:33:58
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gaoyu_1984

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wqj1988926 at 2013-01-28 16:40:23
我个人不太理解楼主的实验,我说下我个人做这方面实验的过程,希望有参考价值。
1. 采用绝对定量的方法的时候,做标曲所采用的是标准品质粒,10倍浓度稀释
2. 相对定量的时候做标曲所采用的标准品是反转录而成的c ...

谢谢回复。没说清楚,不好意思。我做的是相对定量,目前是参比基因B-actin的标曲出现了上述问题。因为我使用的试剂盒是可以同时实现反转录和PCR扩增的,所以标样一直用的都是RNA。只是最近出了问题,又找不到原因。
4楼2013-01-29 08:22:48
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gaoyu_1984

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lidonghong at 2013-01-28 17:33:58
rna浓度越低越容易降解,这是一方面
另一方面认真回忆回忆你的实验操作步骤,和第一次成功的那次比对下

谢谢!由于之前的实验一直没问题,且为了排除RNA降解的原因,重新提取了RNA做标曲,可还是一样,所以有点不明白。昨晚的结果发现增加probe的量,最低两个浓度出现扩增,可还不是正确扩增,今天准备再试试。
5楼2013-01-29 08:27:35
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gaoyu_1984

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wqj1988926 at 2013-01-28 16:40:23
我个人不太理解楼主的实验,我说下我个人做这方面实验的过程,希望有参考价值。
1. 采用绝对定量的方法的时候,做标曲所采用的是标准品质粒,10倍浓度稀释
2. 相对定量的时候做标曲所采用的标准品是反转录而成的c ...

谢谢回复!有什么想法的话还请指点~~
6楼2013-01-29 08:30:24
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by gaoyu_1984 at 2013-01-29 08:27:35
谢谢!由于之前的实验一直没问题,且为了排除RNA降解的原因,重新提取了RNA做标曲,可还是一样,所以有点不明白。昨晚的结果发现增加probe的量,最低两个浓度出现扩增,可还不是正确扩增,今天准备再试试。...

嗯,增加探针的量,如果你发现不是正确扩增,可适当提高退火温度
生物化学与分子生物学
7楼2013-01-29 08:45:07
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyu_1984 at 2013-01-29 08:30:24
谢谢回复!有什么想法的话还请指点~~...

知无不言,言无不尽。谢谢楼主的鲜花。
风雪夜归人
8楼2013-01-29 10:14:05
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

楼主的RNA 稀释的浓度会不会太低了,按照你的说法第一次做的时候最高的浓度是90,我不太清楚楼主的试剂盒的性能,在这个浓度之下还可以保证反转录效率。还有就是楼主再确定一下引物是否合适,体系的合理性。总之,分子生物学的实验有时候就是这样的,会有莫名其妙的问题出现,我们能做的只有尽量注意各个方面。
风雪夜归人
9楼2013-01-29 11:05:45
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gaoyu_1984

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wqj1988926 at 2013-01-29 11:05:45
楼主的RNA 稀释的浓度会不会太低了,按照你的说法第一次做的时候最高的浓度是90,我不太清楚楼主的试剂盒的性能,在这个浓度之下还可以保证反转录效率。还有就是楼主再确定一下引物是否合适,体系的合理性。总之,分 ...

试剂盒要求总RNA模板量只要在1pg-1ug范围内就可以,我计算过,我的最低浓度是22.5pg,按说是符合的。尝试了增加probe量,结果还是不能实现正确扩增。下次我准备提高RNA浓度再试试。谢谢你。
10楼2013-01-29 14:12:31
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