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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果显示连上了，但是序列不对，连上的序列数据库中找不到，怎么回事
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fanwq258

木虫 (正式写手)

[交流] 测序结果显示连上了，但是序列不对，连上的序列数据库中找不到，怎么回事

如题，连上的序列数据库中根本找不到，怎么回事啊，连上去的是什么东西？
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1楼2014-01-08 20:56:29
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20083630zhan

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-09 08:51:33
fanwq258: 金币+5 2014-04-01 19:43:59
我前一段时间也出现这种情况，原因是
1：你的PCR引物设计的不好，有杂带，
2：还有就是你在纯化的时候没有纯化完全，载体与你的杂带连接，这些都有可能:。
建议你在连接之前先将你的PCR产物纯化一下（电泳回收或者是PCR产物纯化试剂盒），纯化完之后取1-2ul电泳看看有没有杂带
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3楼2014-01-09 08:13:32
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三蛰

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-09 08:51:29
fanwq258: 金币+5 2014-04-01 19:44:04
这个很多原因：
1，你用的Taq酶保真性不够，出现很多错配等等……
2，可能测序时出现了不少杂峰干扰，从而机器判读了许多错误的碱基。
3，可能你所扩增的序列没人提交过…………
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2楼2014-01-08 22:44:52
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张宏宇123

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-01-09 08:51:37
你连接的片段上有没有常用的酶切位点，可以切一切看，如果跟你预期的大小相同，有可能是对的，如果切不对，就有可能是错的。
还有你扩增产物特异性高不高，如果不高的话建议改变一下扩增程序，特异性高的产物正确率较高一些。
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4楼2014-01-09 08:42:04
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