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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 什么方法确定插入目的片段后表达载体的阅读框有无发生变化？
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太极小子

新虫 (小有名气)

[求助] 什么方法确定插入目的片段后表达载体的阅读框有无发生变化？

本人新手，用PGEX-6P-1表达一段基因，上游Sal 1酶切位点，下游Not 1酶切位点，请问一般是什么办法来看我插入目的片段后，重组载体的阅读框是否发生变化呢？是有专门的软件分析还是怎么办？一直被这个问题困扰。麻烦给出可以分析的软件或在线预测的网站，菜鸟不胜感激！
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看世间浮华万千，不屑于过眼云烟
1楼 2013-10-15 08:47:14
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bolysu

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-15 18:31:22
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2楼2013-10-15 10:33:36
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bolysu

禁虫 (著名写手)
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3楼2013-10-15 10:34:54
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太极小子

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 10:34:54
先用一个比对软件比对下目的基因，如VECTOR NIT

我现在在设计引物，考虑到如果选的这两个酶切位点会引起目的基因读码框移位，我就直接在引物中目的基因前加1~2个碱基来确保读码框正确。所以现在正在纠结不知道该怎么判断读码框是否移位，求助！
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看世间浮华万千，不屑于过眼云烟
4楼2013-10-15 11:04:26
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bolysu

禁虫 (著名写手)
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5楼2013-10-15 11:40:47
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bolysu

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-15 18:31:34
太极小子: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-10-16 08:47:37
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6楼2013-10-15 11:50:37
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太极小子

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 11:50:37
http://wenku.baidu.com/view/aee067660b1c59eef8c7b4d6.html

从图谱上看，这个酶是会造成移码，而且2个酶靠得很近，切得切不开也是个问题，再一个后面那个酶是很贵的，10次将近500块钱

唉，没办法，其他酶都用不了。我已学会判断方法，感谢您的指导，金币送上~~
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看世间浮华万千，不屑于过眼云烟
7楼2013-10-16 08:47:26
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well_想太多

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 11:50:37
http://wenku.baidu.com/view/aee067660b1c59eef8c7b4d6.html

从图谱上看，这个酶是会造成移码，而且2个酶靠得很近，切得切不开也是个问题，再一个后面那个酶是很贵的，10次将近500块钱

前辈,我不会看,能帮我看看吗?pet-28a,BamHI和HindIII.
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8楼2014-09-14 21:45:29
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bolysu

禁虫 (著名写手)
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9楼2014-09-14 22:10:38
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well_想太多

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by bolysu at 2014-09-14 22:10:38
不会移码，但是你的基因前面带了很长一段多肽，不知道对你的酶会不会有影响...

请问前辈是怎么看的?不需要用到目的基因吗?我的酶切位点前面加了2-3个保护碱基:CG GGATCC CG   BamHI
             CCC AAGCTT GGG   HindIII
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10楼2014-09-16 10:55:31
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