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太极小子

新虫 (小有名气)

[求助] 什么方法确定插入目的片段后表达载体的阅读框有无发生变化?

本人新手,用PGEX-6P-1表达一段基因,上游Sal 1酶切位点,下游Not 1酶切位点,请问一般是什么办法来看我插入目的片段后,重组载体的阅读框是否发生变化呢?是有专门的软件分析还是怎么办?一直被这个问题困扰。麻烦给出可以分析的软件或在线预测的网站,菜鸟不胜感激!
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看世间浮华万千,不屑于过眼云烟
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bolysu

禁虫 (著名写手)

★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-15 18:31:22
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2楼2013-10-15 10:33:36
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bolysu

禁虫 (著名写手)

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3楼2013-10-15 10:34:54
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太极小子

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 10:34:54
先用一个比对软件比对下目的基因,如VECTOR NIT

我现在在设计引物,考虑到如果选的这两个酶切位点会引起目的基因读码框移位,我就直接在引物中目的基因前加1~2个碱基来确保读码框正确。所以现在正在纠结不知道该怎么判断读码框是否移位,求助!
看世间浮华万千,不屑于过眼云烟
4楼2013-10-15 11:04:26
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bolysu

禁虫 (著名写手)

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5楼2013-10-15 11:40:47
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bolysu

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-15 18:31:34
太极小子: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-10-16 08:47:37
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6楼2013-10-15 11:50:37
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太极小子

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 11:50:37
http://wenku.baidu.com/view/aee067660b1c59eef8c7b4d6.html

从图谱上看,这个酶是会造成移码,而且2个酶靠得很近,切得切不开也是个问题,再一个后面那个酶是很贵的,10次将近500块钱

唉,没办法,其他酶都用不了。我已学会判断方法,感谢您的指导,金币送上~~
看世间浮华万千,不屑于过眼云烟
7楼2013-10-16 08:47:26
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well_想太多

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by bolysu at 2013-10-15 11:50:37
http://wenku.baidu.com/view/aee067660b1c59eef8c7b4d6.html

从图谱上看,这个酶是会造成移码,而且2个酶靠得很近,切得切不开也是个问题,再一个后面那个酶是很贵的,10次将近500块钱

前辈,我不会看,能帮我看看吗?pet-28a,BamHI和HindIII.
8楼2014-09-14 21:45:29
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bolysu

禁虫 (著名写手)

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9楼2014-09-14 22:10:38
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well_想太多

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by bolysu at 2014-09-14 22:10:38
不会移码,但是你的基因前面带了很长一段多肽,不知道对你的酶会不会有影响...

请问前辈是怎么看的?不需要用到目的基因吗?我的酶切位点前面加了2-3个保护碱基:CG GGATCC CG   BamHI
             CCC AAGCTT GGG   HindIII
10楼2014-09-16 10:55:31
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