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蛀虫英

新虫 (初入文坛)

[求助] 双酶切问题,跪求指导啊

各位大牛,谁来帮帮我啊,我最近做双酶切,目的片段500左右,连载pmd18-simple-t载体上,用的是NEB公司的not1和bamh1两个酶进行酶切,测序序列正确,可是not1就是切不动,not1我已经验证过了好用,什么单切,过夜切,都试过了,我用的是20ul体系酶各加0.5,单切10ul,20ul都用过了,。。。神了啊,这种情况我改怎么办啊
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-08 17:22:10
你说得不是很清楚。我的理解是:
你已经将500bp的片段克隆至载体pmd-simple-t了,现在准备用NotI+BamHI将此500bp片段切下来(可能准备亚克隆?),问题出在双酶切上,对吧?
如果上述推测正确,那么我建议你先对你的质粒DNA进行定量,然后各取1ugDNA,分别用NotI或BamHI进行单酶切,看看此两个酶切位点是否都能成功进行单切。(质粒成功进行单酶切后电泳的带型与未酶切的质粒不一样,电泳可以明显分辨)。
然后再考虑双酶切。
酶切时的两种酶的具体用量,我建议你利用double digestion designer(http://www.bioinfomatics.cn/enzyme/login.php)进行计算,不要随意估计,以确保完全酶切或者不会因酶量过多而出现酶的星活性。
2楼2013-10-08 16:55:27
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sxxuan

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-08 17:22:16
可以看看notI的酶切位点有没有突变
按楼上的建议测浓度,或做个质粒用量梯度来切一下
你的日子如何,你的力量也必如何!
3楼2013-10-08 17:16:03
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leonaliu2013

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-08 17:22:27
你的描述不太清楚,你说Not1好用,指的是你用这个酶单切切的是你这个片段,还是只是为了验证这个酶是否好用而切得其他带有Not1酶切位点的片段。如果你切的是你自己的片段,那么单酶切能切开,双酶切切不开,那么你要考虑你用的buffer和反应条件是否不适合Not1,但是如果你的意思是你只是单纯的验证了你的Not1好用,而用这个酶切不开你的片段,那么建议你只用Not1单酶切,如果切不开那么是引物合成的公司可能给你合成错了酶切位点。我遇到过这种情况
4楼2013-10-08 17:17:41
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ndsc

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-10-08 17:22:36
同学你好,我建议你把克隆的载体送测序,或是直接重新合成引物,因为原因只有一个,那就是合成引物的5‘端出现碱基错误。。。

得到测序结果可以申请重新合成引物,并且赠送测序券,如果你赶时间那还是直接重新合成吧,时间不等人啊。
5楼2013-10-08 17:19:47
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dang_qi

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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目的片段500的话两个酶切位点比较近,三维结构情况下更近了,你可以试试分别进行两次单酶切试试。
手指所触碰到的距离必有你所期待的风景.
6楼2013-10-08 17:22:21
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