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猫di阁楼

铜虫 (初入文坛)

[求助] 融合PCR最后一步做不出来,求救!!!

做3片段的融合PCR,左翼片段、抗性片段、右翼片段分别是800、2000、800bp,分别割胶回收后的浓度大约是70、120、70纳克/微升。
按摩尔比1:3:1的比例进行融合,第一个步10个循环,94度 30秒;57度 30秒;72度 4分钟,第一步用的是Pfu酶。
第二步取第一步的产物1微升作为模板,两侧F1、R2各2微升,5微升buffer,1微升dNTP(10mM),0.5微升Ex taq.   第二步与第一步的反应温度一样,28个循环。

最后跑出来的条带很混乱,我的目的条带应该在3800左右,可是跑胶得到的条带好像被分解了一样,全都在1000左右。
求助各位达人,这是在哪里出了问题?



上图右向左数第三道就是我说的融合后产物跑胶结果。
融合PCR最后一步做不出来,求救!!!
预融合产物稀释1、10、100倍融合 2013-08-20 10 小时 02 分钟.jpg
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liyongliangx

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 猫di阁楼 at 2013-09-26 20:41:22
握手……
我也是做了2个月了,目前的进度最远就是只能其中两个片段融合上,三个片段很难融合,能问问你是遇到什么问题吗?...

同样的问题,我也是到你的这一步,然后再融合的时候就一直弥散,刚开始我觉得可能是我的引物纯化方式有问题,后来就换了HPLC,但是还是没有成功,而且目前的问题还多了一个,那就是以两两融合的片段为模板,无法得到扩增。所以现在也在找方法。
9楼2013-09-26 20:51:54
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-26 20:41:18
建议提高退火温度到59.
我做融合PCR不分第一第二步的, 我会把所有片段和两端的引物加好然后跑一次PCR(当然用pfu). 楼主可以参考.
2楼2013-09-26 19:59:06
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猫di阁楼

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-09-26 19:59:06
建议提高退火温度到59.
我做融合PCR不分第一第二步的, 我会把所有片段和两端的引物加好然后跑一次PCR(当然用pfu). 楼主可以参考.

请问你也是融合3片段吗?
用PFU酶的话延伸的时间那么长是不是需要加大dNTP的量呢?
3楼2013-09-26 20:04:05
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-27 17:19:44
中间片段用太多了吧,减少为现在的1/10就可以了。第二步的模板可以做个梯度,现在的可能还是多了。
为什么
4楼2013-09-26 20:13:07
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