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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 已知cds序列如何设计引物克隆全长
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 已知cds序列如何设计引物克隆全长

如题。
已知其cds序列（GenBank: AF402771），打算克隆到pgR107 载体上。如何设计引物获得全长。谢谢！
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日拱一卒，功不唐捐
1楼 2013-09-11 14:35:26
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咆哮的白菜

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-09-15 09:42:45
Crescendo: 金币+5, ★有帮助, 引物如何设计？ 2013-09-15 17:56:53
这是要做农杆菌的节奏啊？74-1321是编码区，预测一下酶切位点，加酶切位点直接DNA为底物pcr ，酶切连接。
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姥姥不疼，舅舅不爱
2楼2013-09-14 09:27:43
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jennifermatt

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+5, 首贴奖励 2013-09-15 09:43:00
Crescendo: 金币+2 2013-09-16 22:09:50
检测cds序列可以用的酶切位点，上游引物：保护碱基+酶切位点+起始密码+引物，下游：保护碱基+酶切位点+终止密码+引物
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求是
3楼2013-09-14 11:10:03
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jennifermatt at 2013-09-14 11:10:03
检测cds序列可以用的酶切位点，上游引物：保护碱基+酶切位点+起始密码+引物，下游：保护碱基+酶切位点+终止密码+引物

这样可行？如此，在NCBI进行引物Blast，没有扩增到目的片段。请指教？
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日拱一卒，功不唐捐
4楼2013-09-15 17:58:14
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咆哮的白菜

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+4, BioEPI+1 2013-09-16 14:41:49
Crescendo: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2013-09-16 22:09:43
引物设计很简单，74-1321为cds，先设计一对扩增此片段的普通引物18-25bp左右，然后加上酶切位点和保护碱基，比如PGR106上的是Cla I和Sal I 吧（PGR107比106就是一个酶切位点的差距，你自己查查看）上游引物就加上Cla I的序列和保护碱基CCATCGAT，下游引物就加上Sal I的序列和保护碱基ACGCGTCGAC（仅举个例子，你要看你的具体情况）。要是在ＮＣＢＩ　ｂｌａｓｔ引物的话，要把酶切位点序列和保护碱基序列去掉以后再ｂｌａｓｔ。引物设计遵循一般引物的设计规则。
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姥姥不疼，舅舅不爱
5楼2013-09-16 11:27:51
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