24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2488  |  回复: 11

duke188

新虫 (初入文坛)

[求助] 梯度PCR退火温度

上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)
Tm(1M Na+):68.2
Tm(50mM Na+):46.6
下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)
Tm(1M Na+):66.2
Tm(50mM Na+):44.6
顺便问下大家,Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)有什么区别啊?
我该选择哪个Tm啊?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shangrila911

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
duke188(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-07-21 23:05:54
Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)  括号里面的表示盐浓度,盐浓度越高,Tm越高,不过还是根据自己的实际PCR情况而定,一般PCR常用Tm(50mM Na+)作参考...
一切都会好的!
2楼2013-07-21 22:01:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duke188

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shangrila911 at 2013-07-21 22:01:11
Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)  括号里面的表示盐浓度,盐浓度越高,Tm越高,不过还是根据自己的实际PCR情况而定,一般PCR常用Tm(50mM Na+)作参考...

我是新手,由于要做梯度PCR摸退火温度,按照Tm(50mM Na+)--5℃的话,退火温度是不是太低了
3楼2013-07-21 22:20:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-22 11:49:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by duke188 at 2013-07-21 22:20:52
我是新手,由于要做梯度PCR摸退火温度,按照Tm(50mM Na+)--5℃的话,退火温度是不是太低了...

一般PCR时的退火温度很少选在50°C以下。从你的引物大概是20nt,GC含量在50%左右,退火温度一般在55-60°C。你可以根据这个设计你的温度梯度。
4楼2013-07-22 04:27:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-22 11:49:12
根据你的序列,感觉你正向引物3端GC含量有点高,不过应该没有多大关系,直接做个50, 48,46的TD pcr就没问题!Good luck!
互助互励,共奋共进!!
5楼2013-07-22 05:31:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xz2001199802

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
eurofins给出你的引物Tm分别为57.3和55.3,所以我建议你用52 - 55°。我通常都是这么整的,应该没问题的
越学越无知
6楼2013-07-22 18:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyc_charles

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-23 08:21:20
PCR退火温度做梯度的话,一般采取从高于TM值10℃的温度开始,比如你的TM值是55℃那么你从65℃开始做梯度。另外可以坐下touch down试试,每个循环降0.7℃或者1℃,一般可以得到目的条带,我是这么做的,供你参考下
不但要做一个优秀的人,更要做一个无可取代的人…
7楼2013-07-22 18:37:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duke188

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xz2001199802 at 2013-07-22 18:31:43
eurofins给出你的引物Tm分别为57.3和55.3,所以我建议你用52 - 55°。我通常都是这么整的,应该没问题的

谢谢!DNA合成说明书上给的那些Tm没有用么
8楼2013-07-22 22:41:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

duke188

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hyc_charles at 2013-07-22 18:37:31
PCR退火温度做梯度的话,一般采取从高于TM值10℃的温度开始,比如你的TM值是55℃那么你从65℃开始做梯度。另外可以坐下touch down试试,每个循环降0.7℃或者1℃,一般可以得到目的条带,我是这么做的,供你参考下

谢谢!我们要摸出退火温度做定量PCR
9楼2013-07-22 22:43:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xz2001199802

金虫 (正式写手)

应该有用,但是我之前我用的公司的合成引物没有这个信息,所以我也不知道你这个对退火温度的选择有什么作用
越学越无知
10楼2013-07-22 22:46:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 duke188 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290调剂生物0860 +37 哇哈哈,。 2026-04-11 43/2150 2026-04-15 18:55 by zhuwenxu
[考研] 一志愿中国科学院上海有机所,有机化学356分找调剂 +12 Nadiums 2026-04-09 13/650 2026-04-14 17:54 by lhj2009
[考研] 药学305求调剂 +10 玛卡巴卡boom 2026-04-10 10/500 2026-04-14 15:55 by zs92450
[考研] 求调剂 +12 何气正 2026-04-13 13/650 2026-04-14 14:47 by zs92450
[考研] 297求调剂 +23 ORCHID1 2026-04-10 26/1300 2026-04-14 13:52 by 陈皮皮
[考研] 材料085601调剂 +32 何润采123 2026-04-10 34/1700 2026-04-14 08:47 by 木木mumu~
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 电气工程专硕320求调剂 +5 小麻子111 2026-04-10 5/250 2026-04-12 10:47 by zhouyuwinner
[考研] 280求调剂 +13 wzzz王 2026-04-09 13/650 2026-04-12 00:31 by 勇攀高峰0126
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 电子信息279求调剂,有书读就行 +8 wwwooden 2026-04-08 11/550 2026-04-11 20:22 by cq2548
[考研] 求调剂 +3 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 14:13 by luhong1990
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-09 6/300 2026-04-11 11:25 by zhq0425
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 085506-求调剂-285分 +3 雷欧飞踢 2026-04-08 3/150 2026-04-11 08:37 by zhq0425
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
信息提示
请填处理意见