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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 梯度PCR退火温度
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duke188

新虫 (初入文坛)

[求助] 梯度PCR退火温度

上游TTACAAGATGGAGCCTCACC(GC含量50%)
Tm(1M Na+)：68.2
Tm(50mM Na+)：46.6
下游CAAAGAATAACCCAGGACGA(GC含量45%)
Tm(1M Na+)：66.2
Tm(50mM Na+)：44.6
顺便问下大家，Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)有什么区别啊?
我该选择哪个Tm啊？
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1楼 2013-07-21 21:38:26
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-22 11:49:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by duke188 at 2013-07-21 22:20:52
我是新手，由于要做梯度PCR摸退火温度，按照Tm(50mM Na+)--5℃的话，退火温度是不是太低了...

一般PCR时的退火温度很少选在50°C以下。从你的引物大概是20nt，GC含量在50%左右，退火温度一般在55-60°C。你可以根据这个设计你的温度梯度。
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4楼2013-07-22 04:27:58
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shangrila911

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
duke188(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-07-21 23:05:54
Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)  括号里面的表示盐浓度，盐浓度越高，Tm越高，不过还是根据自己的实际PCR情况而定，一般PCR常用Tm(50mM Na+)作参考...
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一切都会好的!
2楼2013-07-21 22:01:11
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duke188

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shangrila911 at 2013-07-21 22:01:11
Tm(1M Na+)和Tm(50mM Na+)  括号里面的表示盐浓度，盐浓度越高，Tm越高，不过还是根据自己的实际PCR情况而定，一般PCR常用Tm(50mM Na+)作参考...

我是新手，由于要做梯度PCR摸退火温度，按照Tm(50mM Na+)--5℃的话，退火温度是不是太低了
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3楼2013-07-21 22:20:52
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Sthunder

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-22 11:49:12
根据你的序列，感觉你正向引物3端GC含量有点高，不过应该没有多大关系，直接做个50， 48,46的TD pcr就没问题！Good luck！
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互助互励，共奋共进！！
5楼2013-07-22 05:31:19
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