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ann花开花落

铜虫 (正式写手)

[求助] 退火温度的优化

退火温度的优化,看到书上说比Tm低2-10℃的范围内,由高到低的设定同一反应体系中连续的不同循环的退火温度,可以避免同时做多个平行试验的繁琐操作,这个我没懂,能不能帮忙解释下呢
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mascotte

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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amisking: 回帖置顶 2013-02-28 19:02:09
ann花开花落: 金币+3, ★★★很有帮助, 懂了 2013-03-01 11:24:06
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-04-10 17:46:19
楼上说的都对,举例来说:你的引物计算Tm值为58度,在支持Touchdown PCR的PCR仪里可以设定第一个循环的退火温度为68(比计算值高10度),第二个为66.第三个为64....每个循环的退火温度比前一个低1~2度,直到降到58度,并以58度继续进行PCR剩余的循环数。这样可以极大的减少非特异性的扩增。
4楼2013-02-28 18:25:04
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普通回帖

lhs521521

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-28 19:02:01
ann花开花落: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-01 11:24:20
这个就是降落PCR,不同于梯度PCR,降落是在一个PCR管子里体系经历不同的退火温度,梯度是每一个管子有一个退火温度!降落比较省事,但你不知道哪个是最佳退火温度,梯度可以知道!
寻找真正的自我!
2楼2013-02-28 16:18:32
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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amisking: 金币+3, 鼓励发帖交流问题。 2013-02-28 19:02:06
ann花开花落: 金币+2, 有帮助 2013-03-01 11:24:32
梯度PCR是设置平行的几个(仪器一般是十二个)退火温度,每个系列都按照此系列的退火温度同时进行PCR反应,目的在于摸索退火温度
touchdown PCR是指设置一个最高退火温度,然后PCR每进行一个反应后减低n度后再进行下一个PCR反应,目的在于提高特异性PCR产物,减少非特异性扩增
生物化学与分子生物学
3楼2013-02-28 16:34:40
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a_biao

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人认为应该是:计算的Tm值附近进行梯度PCR;然后摸索出较优化的退火温度后,再对该样本采取降落PCR扩增来减少非特异扩增的产物。
5楼2013-03-02 21:02:45
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莹彬2012

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by mascotte at 2013-02-28 18:25:04
楼上说的都对,举例来说:你的引物计算Tm值为58度,在支持Touchdown PCR的PCR仪里可以设定第一个循环的退火温度为68(比计算值高10度),第二个为66.第三个为64....每个循环的退火温度比前一个低1~2度,直到降到58度 ...

谢谢moscotte 啦,我最近也在用touch down程序扩增,就是不太确定程序第一个循环的退火温度?是引物计算的Tm值还是比它高10℃?O(∩_∩)O谢谢
6楼2013-04-09 17:19:47
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mascotte

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

我一般是前5个循环做touchdown, 第一个循环比引物的TM高10度,第二个高8度,。。。第六个循环至第30个循环按照引物的Tm进行退火
7楼2013-04-09 21:21:01
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