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lxyyzz

木虫 (小有名气)

[求助] 求助分子克隆问题——挑不出阳性克隆! 已有1人参与

分子克隆两个酶切位点是AgeI和XhoI,酶切6h后回收。
载体跑胶,看到的切割条带和预想的一样,8000bp和2000bp,选取8000bp的条带切胶回收。载体和片段回收后也跑过胶,大小位置都是对的。做了好几次都没有阳性克隆,长出的克隆都没有插入片段。

后来我只取了回收后的载体,同样加入连接酶连接转化后,发现板上也长了克隆!大概十几个左右的样子。我很不理解,按照道理说回收后的载体是线性的,并带有两个不同的粘性末端,应该不会再成环啊,为什么还能长的出克隆呢?

请高人帮忙解释下,给点建议!我是真不知道这种情况该怎么办了。
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zhsha1993

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 就是酶切后用试剂盒回收,然后跑胶看看回收的片段大小对不对。。 2013-07-10 22:51:18
“载体和片段回收后也跑过胶” 这句话如何解?
2楼2013-07-10 09:59:14
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武穆大成

木虫 (著名写手)

笨蛋

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 这个我试过好几个比例,结果都一样。以前做别的克隆都很容易就做出来了啊~ 2013-07-10 22:54:04
质粒的构建,要特别注意几个问题。载体和插入片段的mol比。一般是1:10.载体一般0.03pmol,插入片段0.3pmol。。mol数不会算可以再和我交流
6楼2013-07-10 11:10:51
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普通回帖

zhsha1993

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你最好把你的质粒图谱发来看看。
3楼2013-07-10 10:07:24
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励新虫交流 2013-07-10 10:10:09
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 线性的两端粘性末端都不一样啊,这样也能自连? 2013-07-10 22:52:16
你所不理解的很正常:线性它也可能再重新自连的哇。
没有阳性克隆,载体上没有插入的片段那可能就是是你连接效率低,长出来的克隆都是自连的。
你看蓝白斑筛选的时候不是一样会长很多非阳性克隆么。
伟大航线....
4楼2013-07-10 10:09:05
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lifuzhu3838

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 嗯。谢谢,也有人建议我搞点磷酸酶。 2013-07-10 22:52:54
酶切之后做个去磷酸化,几乎就没有假阳性了,蓝白斑很少人做吧。PCR片段插入到T载体试试,挑不到重组子原因很多的。
活到老学到老
5楼2013-07-10 11:05:12
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wangpeng227

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lxyyzz: 金币+5, 有帮助, 保护碱基都是3个,按NEB推荐保护碱基数目来的,酶切过夜了。这样应该切开了吧? 2013-07-10 22:54:55
目的片段酶切不充分吧,你的保护性碱基用了几个 ?
7楼2013-07-10 13:13:39
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-10 16:40:06
lxyyzz: 金币+8, 有帮助, 谢谢!载体酶切能清楚看到有两条带,和预期一样,两个酶应该都发挥作用了。其他几点我再去改进改进~ 2013-07-10 22:57:12
如果插入片段是PCR得到的,而不是从载体切割的,很大可能是酶切效果不好,有可能是因为保护碱基不够长,也可能是因为酶切体系活性不够强。
另外,载体双酶切也去磷酸化更保险,除非载体单酶切跟双酶切得到的载体片段有明显差别,否则不能排除只切开一个位点,那样胶回收再连接就很可能自身环化了。
还有就是感受态细胞的问题。
为什么
8楼2013-07-10 16:15:22
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wangpeng227

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by wangpeng227 at 2013-07-10 13:13:39
目的片段酶切不充分吧,你的保护性碱基用了几个 ?

是不是连接酶或者连接酶buffer失效了?
连接酶buffer用久了会失效的.
9楼2013-07-10 23:44:04
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

8000和没切完全的1W跑胶分不开吧,长出来的可能是没切的(你有提出来切下试试么?),纯得粘性末端线性片段基本上不会连接转化的
至于没有阳性,只能你自己检查下实验步骤和体系了,比如连接有没有问题什么的。
10楼2013-07-11 00:50:09
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