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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白同源建模
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chaonan321

金虫 (小有名气)

[求助] 蛋白同源建模

先说一下我的情况吧：模拟一个含多个锌离子的蛋白，共有八百多个AA。其中有二个片段有晶体结构，一个片段长度50aa，一个片段长度190aa. 此外， 找不到整个蛋白的同源蛋白，仅能找个别domain的同源片段。因为组内没有购买软件，只能用modeller. I -Tasser, swii mode等网络软件进行模拟。

目前的想法是分成几个域分别建模，然后组装在一起，组装应该是什么办法呢？对接？什么软件合适呢？

我是一名新手，满肚子的困惑，恳请各位前辈赐教啊......
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1楼 2013-04-30 17:45:03
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-02 20:54:21
你说的这个软件没用过，但是modeller应该是可以连的，你用建好的各域做模板，连接处就只能随机连了，如果10个左右的氨基酸连接可以试试，估计是接近直线的肽链，然后就是优化了。据说modeller自带的优化很一般，所 ...

非常感谢，我觉得这是个好主意啊，我真笨，光想着对接把它们连起来。像你说的，我可以用一个可用多个模板的软件连接啊！
非常感谢，再次请问modeller一次可以输入多少个模板呀？
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7楼2013-05-03 18:45:58
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaonan321: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢:) 2013-05-02 18:04:47
仅仅说一点个人的小看法，仅供参考。
首先不知道你这蛋白是多链还是单链的。如果是单链那么和我做过的一个蛋白有点像，蛋白长700aa，两个域由一个linker连一起。如果这种情况linker通常都有域间通讯功能，所以最好找个同源蛋白做模板建linker，如果没有同源模板基本很难建，因为linker的构象直接导致不同的结果，发稿时评委多半得问这问题。
如果是多链蛋白那就是亚基相互作用的问题了，论坛上有人似乎曾经提出是否可以用对接建这种多链蛋白模型（记不清是不是这个论坛了，N长时间没上过论坛了），然后做模拟。个人认为不太妥当（个人意见），原因是对接其实本身就是一种推测，然后你用推测的模型再去模拟就是推测的推测，科研上比较忌讳，除非你对接的结构验证一下，比方说把对接的结合位点突变后生化活性鉴定下先。
个人认为如果你蛋白结构信息特别少的话不要去建全模型，很难验证，而且这么大的体系MD时间很长（用牛X服务器的勿喷），通常得计算到几百ns才可以说有蛋白构象变化。建议尝试分区域做，这样虽然忽略了蛋白整体的域间调控作用，但是在研究的初期，特别是各种结构及动力学特性都没有阐述的初期是没有问题的。
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2楼2013-05-01 01:03:52
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-01 01:03:52
仅仅说一点个人的小看法，仅供参考。
首先不知道你这蛋白是多链还是单链的。如果是单链那么和我做过的一个蛋白有点像，蛋白长700aa，两个域由一个linker连一起。如果这种情况linker通常都有域间通讯功能，所以最好 ...

非常感谢你的回复，我的是单链蛋白。其中包括若干个功能域，我也觉得信息量太少，但老板一定让做，只得坚持。请问你当时用什么方法将二个域连在一起了呢？再次感谢.
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3楼2013-05-02 18:08:54
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xulinan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaonan321: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢啦:) 2013-05-02 20:23:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaonan321 at 2013-05-02 18:08:54
非常感谢你的回复，我的是单链蛋白。其中包括若干个功能域，我也觉得信息量太少，但老板一定让做，只得坚持。请问你当时用什么方法将二个域连在一起了呢？再次感谢....

我当时是分开研究的，只研究了碳端部分。其实研究哪个部分都行，按理说我的蛋白氮端更重要，所以从某种意义上说我做了一个不太重要的域，但是文章还是发出去了，这也就证明了分开研究是可以的。我的蛋白有个同源蛋白结构是连着的，所以可以用modeller建，但是只能建底物结合状态的。因为最近有研究表明连接的linker伸长和收缩底物的结合和酶活都会变。看你蛋白情况了，找找有么有一个家族的结构，实在不行亲缘关系远的也行，只要功能相似可能构象就有一致性，这样建模总算有点依据（虽然准确性还是不好说）。如果这些也找不到而你老板还是非要做的话（恕冒昧，有点一根筋了），就只有随机建立，随机建出来多是一段直的肽链，然后做长时间的平衡（这么大蛋白估计平衡200ns也不为过，我指的是10多个短肽连接；如果你的连接是几十个氨基酸，那你别想了，构象太复杂，目前似乎还模拟不了折叠吧），然后这个平衡的构象可能有点研究价值。除此之外...恕愚昧，想不出办法了暂时。
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4楼2013-05-02 19:32:06
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