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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白同源建模
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chaonan321

金虫 (小有名气)

[求助] 蛋白同源建模

先说一下我的情况吧：模拟一个含多个锌离子的蛋白，共有八百多个AA。其中有二个片段有晶体结构，一个片段长度50aa，一个片段长度190aa. 此外， 找不到整个蛋白的同源蛋白，仅能找个别domain的同源片段。因为组内没有购买软件，只能用modeller. I -Tasser, swii mode等网络软件进行模拟。

目前的想法是分成几个域分别建模，然后组装在一起，组装应该是什么办法呢？对接？什么软件合适呢？

我是一名新手，满肚子的困惑，恳请各位前辈赐教啊......
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1楼 2013-04-30 17:45:03
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-01 01:03:52
仅仅说一点个人的小看法，仅供参考。
首先不知道你这蛋白是多链还是单链的。如果是单链那么和我做过的一个蛋白有点像，蛋白长700aa，两个域由一个linker连一起。如果这种情况linker通常都有域间通讯功能，所以最好 ...

非常感谢你的回复，我的是单链蛋白。其中包括若干个功能域，我也觉得信息量太少，但老板一定让做，只得坚持。请问你当时用什么方法将二个域连在一起了呢？再次感谢.
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3楼2013-05-02 18:08:54
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-02 19:32:06
我当时是分开研究的，只研究了碳端部分。其实研究哪个部分都行，按理说我的蛋白氮端更重要，所以从某种意义上说我做了一个不太重要的域，但是文章还是发出去了，这也就证明了分开研究是可以的。我的蛋白有个同源蛋 ...

多谢啦，我找不到同一个家族的结构，同一家族的也只是有一些片段而已。我用I-tasser对整个蛋白建模，结果非常差，所以我只能分别对域进行建模，然后连起来。但我不知道怎么连。
无论如何，还是非常感谢你的回复。
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5楼2013-05-02 20:26:09
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-02 20:54:21
你说的这个软件没用过，但是modeller应该是可以连的，你用建好的各域做模板，连接处就只能随机连了，如果10个左右的氨基酸连接可以试试，估计是接近直线的肽链，然后就是优化了。据说modeller自带的优化很一般，所 ...

非常感谢，我觉得这是个好主意啊，我真笨，光想着对接把它们连起来。像你说的，我可以用一个可用多个模板的软件连接啊！
非常感谢，再次请问modeller一次可以输入多少个模板呀？
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7楼2013-05-03 18:45:58
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-04 10:15:46
这个你到是问倒我了，没注意过模板上限啊，感觉没有上限吧，建模速度的问题。不用担心模板数量的问题，够你用的，我建过5个左右模板的。...

行，我马上开始试，非常感谢。
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9楼2013-05-06 16:38:52
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-04 10:15:46
这个你到是问倒我了，没注意过模板上限啊，感觉没有上限吧，建模速度的问题。不用担心模板数量的问题，够你用的，我建过5个左右模板的。...

你好啊，我现在想用modeller建模，我下了modeller的主程序，Python 2.7和MODELLER GUI.我也看到http://salilab.org/modeller/supplemental.html  数据库信息，请问这个数据库我需要下载吗？感觉特别大。这个数据库是用于什么的呢？我就是想把若干个域连在一起，但有一些loop区还是需要modeller自己建模的，这种情况下需要下载这些数据库吗？
期待你的回复，非常感激：）
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10楼2013-05-07 16:38:43
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chaonan321

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-07 20:17:06
说实话modeller我也不是行家，就用过两次，所以只能是建议，相互学习吧。你说的这个我没下，因为我每次都是自己找同源蛋白的。感觉modeller自己匹配的序列很一般，你不自己手动调整是不会恰当匹配的。不用下载可用 ...

我也感觉modeller的align结果很一般，我把ali和pap文件都手动在写字板里改了一下，我这样做对吗？手动align的话，还要改动别的文件吗?非常感谢.
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12楼2013-05-10 20:14:40
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