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auliuym

木虫 (著名写手)

[求助] 连接后酶切检测遇到的问题

请教各位分子生物学大德诸君:
  我将目的基因插到PET15b中,然后转入DH5a菌株中,再提取质粒、酶切跑胶检测,结果如下图所示:

左边是Marker,下面的胶是未酶切前,上面的是酶切后,泳道从左至右一一对应。可以看出,第3、5、8泳道,经过酶切后出现两条带,上一条应当是质粒,下一条是目的DNA片段,为什么这三个中的质粒条带与第2、4、6、7、9、10中的质粒条带位置不一样?是超螺旋结果的质粒吗?同理,可以看见在下面一块胶中第5、8的质粒条带与其他泳道的不同?为什么?
望大德诸君不啬赐教,不胜感激!!!有经验者,回答此问题,并很有说服力,将有金币奉上。

20130326.jpg
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日月逝矣,岁不我与。
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小科研女dow

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
auliuym: 金币+10, 有帮助 2013-03-26 21:34:11
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-27 13:41:43
自我觉得 2467910的结果是正确的
切后是跑的慢了 理论上将应是单条带
可见你的没有切完全
下面的结果可能是提权过程的问题
出现了资解旋等问题
做出色的科研人
2楼2013-03-26 17:24:59
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auliuym

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小科研女dow at 2013-03-26 17:24:59
自我觉得 2467910的结果是正确的
切后是跑的慢了 理论上将应是单条带
可见你的没有切完全
下面的结果可能是提权过程的问题
出现了资解旋等问题

3、5、8如果没有切完全的话,最上面也应该有一条条带,即线状的质粒,也就是说应该有三条啊。
再,可以从下图看出来,3、5、8质粒本身也显示出比较小,跑得快?为什么?
若解螺旋了,应当跑得慢才是啊。
日月逝矣,岁不我与。
3楼2013-03-26 17:46:16
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2013-03-27 13:41:54
从你的图上看,第2、5、8三个和其他的不一样,从酶切图看也是这样,但是切下来的片段大小是一样的,所以可能是载体不一样,也就是2、5、8和其他的是不同的载体,连的目的基因是一样的。
载体不一样可能有两个原因:一是载体本身发生了变异,如片段缺失,这个可能性不大,另一个就是载体污染,混入了其他载体。
我的建议是用载体上其他的酶切位点对应的两种酶切了试试,如果有的能切开而有的切不开,就说明是载体出了问题。
另外,你要是赶进度,可以这样处理:你用的载体大小应该知道的,用那个正确的往下做就OK啦,反正双酶切验证是正确的。
没有做不到,只有想不到!
4楼2013-03-27 10:14:15
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
auliuym: 金币+40, ★★★★★最佳答案 2013-03-27 19:46:08
引用回帖:
4楼: Originally posted by 王平阳 at 2013-03-27 10:14:15
从你的图上看,第2、5、8三个和其他的不一样,从酶切图看也是这样,但是切下来的片段大小是一样的,所以可能是载体不一样,也就是2、5、8和其他的是不同的载体,连的目的基因是一样的。
载体不一样可能有两个原因: ...

还有,你最后一个泳道插入的不是目的基因(你的目的基因2000多呢),而是介于250到500bp之间的一个小片段,不可用哦!
没有做不到,只有想不到!
5楼2013-03-27 10:18:18
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auliuym

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 王平阳 at 2013-03-27 10:14:15
从你的图上看,第2、5、8三个和其他的不一样,从酶切图看也是这样,但是切下来的片段大小是一样的,所以可能是载体不一样,也就是2、5、8和其他的是不同的载体,连的目的基因是一样的。
载体不一样可能有两个原因: ...

第10个是对照,酶切后应该是几个bp,怎么会有250到500bp间的条带呢?难道是段片段的自连?
日月逝矣,岁不我与。
6楼2013-03-27 12:23:40
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王平阳

金虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-04-27 16:59:50
引用回帖:
6楼: Originally posted by auliuym at 2013-03-27 12:23:40
第10个是对照,酶切后应该是几个bp,怎么会有250到500bp间的条带呢?难道是段片段的自连?...

这个主要是看你的载体是否用的直接买回来的(这种只会释放很小的片段,电泳时是看不到的),而这些载体实验室一般是通过转化而获得大量质粒载体的,所以很多情况实验室用的载体会在多克隆位点的地方插入一段DNA片段,这样在进行载体双酶切的时候可以清晰地看到释放的片段,从而增加可信度,我估计你就是这种情况,通过释放的片段可以清晰地看到是否切开了呀!
没有做不到,只有想不到!
7楼2013-03-28 12:05:54
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auliuym

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 王平阳 at 2013-03-28 12:05:54
这个主要是看你的载体是否用的直接买回来的(这种只会释放很小的片段,电泳时是看不到的),而这些载体实验室一般是通过转化而获得大量质粒载体的,所以很多情况实验室用的载体会在多克隆位点的地方插入一段DNA片段 ...

非常感谢!
日月逝矣,岁不我与。
8楼2013-03-29 14:26:35
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aleismile

银虫 (初入文坛)

求楼主的联系方式,想交流一下!897748423
9楼2013-11-27 23:58:19
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auliuym

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by aleismile at 2013-11-27 23:58:19
求楼主的联系方式,想交流一下!897748423

后来基本确定是其他载体污染所致。
日月逝矣,岁不我与。
10楼2013-12-05 14:43:06
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