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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于引物设计的问题
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helu010924

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于引物设计的问题

我想问一下，我已经知道了一个基因的全基因组序列，想要扩增出全长，怎么设计一对引物，就一对引物。怎么弄？用什么软件，希望步骤越详细越好。从3‘UTR 区和5’UTR区怎么弄。急，谢谢
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宁愿笑着流泪，不愿哭着后悔
1楼 2013-01-16 13:49:43
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道你克隆基因的目的。如果是做表达的话，直接从起始密码子到终止密码子就可以了，不用管5'UTR和3'UTR。如果是原核生物的话，一对引物以基因组DNA为模板直接P。如果是真核生物有内含子的，需要以cDNA为模板P。
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2楼2013-01-16 14:17:12
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helu010924

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-01-16 14:17:12
不知道你克隆基因的目的。如果是做表达的话，直接从起始密码子到终止密码子就可以了，不用管5'UTR和3'UTR。如果是原核生物的话，一对引物以基因组DNA为模板直接P。如果是真核生物有内含子的，需要以cDNA为模板P。

是谷子里的某个基因。是要把全基因组扩增出来。
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宁愿笑着流泪，不愿哭着后悔
3楼2013-01-16 14:23:01
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by helu010924 at 2013-01-16 14:23:01
是谷子里的某个基因。是要把全基因组扩增出来。...

扩增基因的话你直接P就是了。不过基因里面是有外显子和内含子的。用来做表达的话要用cDNA。
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4楼2013-01-16 16:08:14
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helu010924

铁虫 (小有名气)
你没明白我说啥。。。
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宁愿笑着流泪，不愿哭着后悔
5楼2013-01-16 22:49:22
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的基因多长？不是你想一对就一对的。
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6楼2013-01-17 02:51:38
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ccharlien

木虫 (正式写手)
全长基因组两边都是从头取序列20个之后，参考Tm差别和GC含量决定两端的最终长度，不需要软件都可以
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7楼2013-01-17 17:50:29
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liujie13251

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

将该基因的基因组序列全长重制到primer premier5.0软件，在上下游各选取合适长度的引物，20-24bp为好。设计引物的时候，rate一定要尽可能的高，80以上比较好。进行PCR扩增的时候建议用TAKARA的LAtaq酶，因为扩基因组序列一般比较长，一般的Taq酶很难扩出来。祝你好运。
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8楼2013-03-01 21:04:21
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