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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教引物设计的问题
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angel_yy

金虫 (正式写手)

[求助] 请教引物设计的问题

本人是新手 第一次设计引物 所以毫无头绪 希望有经验的 XDJM能够帮忙设计一下

下面的是要扩增的目的序列
atgaaaatga aacgtaaact attaagcttg gtttcagtcc ttactatttt attgggagct
   61 ttttgggtaa cgaagattgt aaaagctgac caagtcacaa attatacaaa tacggcttct
   121 atcacaaaat cagatggtac agcactttct aatgatccat ctaaggctgt taattattgg
   181 gaaccacttt ctttcagtaa ttctattact ttcccagatg aagtcagtat taaggctggg
   241 gatactttaa ccattaagtt gccagagcaa ttacaattta cgactgctct aactttcgat
   301 gttatgcata ccaatgggca attagctggt aaagcaacaa ctgatcctaa tacaggagaa
   361 gtaacagtta cctttactga tatttttgaa aaactgccta atgataaggc tatgacatta
   421 aattttaatg cacaattgaa tcataacaat atttctattc ctggtgttgt aaactttaac
   481 tataataatg ttgcttatag ctcttatgtt aaagacaaag atattacgcc aataagtcca
   541 gatgttaaca aagtgggtta tcaggataaa agtaatcctg gtttgattca ctggaaagtt
   601 ctcattaaca acaaacaagg tgctattgat aatttgactt tgactgatgt tgtcggagaa
   661 gatcaagaaa tcgtaaaaga ttccttggtt gctgcacgct tgcagtacat tgctggtgat
   721 gatgttgaca gtttagatga agctgcttcg cgaccttatg ctgaggattt ttcaaaaaat
   781 gttacttatc aaactaatga tttaggattg acaacaggat ttacctatac aattccagga
   841 tccagtaaca acgctatctt tatctcttat actactcgtt taacttcttc tcaatctgct
   901 ggtaaagatg tcagcaacac tattgctatt tcaggaaata atattaatta ttccaatcaa
   961 acaggctacg ctcgtattga atccgcatat ggtagagcta gttctagagt aaagaggcaa
  1021 gcagaaacaa caactgttac tgaaacaaca acttcgtcat cttctgaaac gacaactagt
  1081 gaagcgacaa cagaaacaag tagtacaaca aataataatt caactactac agaaacagct
  1141 actagcacaa caggagcttc aacaacacaa acaaaaacga ctgcttctca aacgaatgtt
  1201 ccgacaacaa caaacataac aacaacttca aaacaagtaa ccaagcaaaa agcgaaattt
  1261 gttttaccat caacaggtga acaagcaggg cttttgttaa ctactgtagg tcttgtaatt
  1321 gttgctgtgg caggtgtcta tttctataga acacgtcgtt aa

载体是pCDN3.1
我选择的酶切位点是BamHI 和 Hind III
设计的结果是
TACGTTTCATTTTCATGGATCCCCC
GGGGGATCCATGAAAATGAAACGTA
希望大家帮忙指正！
谢谢啦
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1楼 2011-05-04 17:15:12
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-05-05 10:32:19
引用回帖:
Originally posted by angel_yy at 2011-05-04 17:15:12:
本人是新手 第一次设计引物 所以毫无头绪 希望有经验的 XDJM能够帮忙设计一下

下面的是要扩增的目的序列
atgaaaatga aacgtaaact attaagcttg gtttcagtcc ttactatttt attgggagct
   61 ttttgggtaa cgaagattgt ...

楼主把引物标清楚些哦，保护碱基、酶切位点等等，最好写出来。
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2楼2011-05-04 17:20:09
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angel_yy

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-05-04 17:20:09:
楼主把引物标清楚些哦，保护碱基、酶切位点等等，最好写出来。

这个我还真的不是很明白 所以能不能麻烦您给我示范一下呢 要不您就设计出个引物 我看一下可以吗 看了很多关于这方面的理论的条条框框 可是也没搞明白具体怎么做
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3楼2011-05-04 21:42:04
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xiaoweiwei121

荣誉版主 (文坛精英)

这潭水蓝的深邃

优秀区长优秀区长优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 火眼金睛 2011-05-05 09:12:09
angel_yy(金币+2): 谢谢啦 我会再用心看书的 2011-05-05 09:27:59
你这是怎么设计的
先不说什么退火温度 序列，保护碱基的问题
你先看看，你的引物是完全互补的，那你要扩增什么呢？
5-tacgtttcattttcatggatccccc->
        |||||||||||||||||||||||||
<-atgcaaagtaaaagtacctaggggg-5
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4楼2011-05-05 00:32:41
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xiaoweiwei121

荣誉版主 (文坛精英)

这潭水蓝的深邃

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【答案】应助回帖

angel_yy(金币+2): 我真的看了大半天 因为老板催的紧 所以就试试了 没想到一点都不对 谢谢您的指正 2011-05-05 09:30:00
你说你看过很多书，说实话我不相信
ps：没有打击楼主的意思，
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5楼2011-05-05 00:34:22
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angel_yy

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiaoweiwei121 at 2011-05-05 00:34:22:
你说你看过很多书，说实话我不相信
ps：没有打击楼主的意思，

好吧 那还是我看的少了 其实我是搞化工的 老板忽然让做这个实验真的摸不着头绪  基本的生物方面的概念也不清楚 也许是我COPY上来时搞错了 现在看起来还是那堆方程式更可爱一点  那我就再好好看书吧 谢谢指点啦
赞一下 回复此楼
6楼2011-05-05 09:26:47
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xiaoweiwei121

荣誉版主 (文坛精英)

这潭水蓝的深邃

优秀区长优秀区长优秀版主优秀版主
★ ★
西瓜(金币+2): 热心的区长 2011-05-05 22:02:22
引用回帖:
Originally posted by angel_yy at 2011-05-05 09:26:47:
好吧 那还是我看的少了 其实我是搞化工的 老板忽然让做这个实验真的摸不着头绪  基本的生物方面的概念也不清楚 也许是我COPY上来时搞错了 现在看起来还是那堆方程式更可爱一点  那我就再好好看书吧 谢谢指点啦

那还是情有可原哈
辛苦了，引物设计很简单的，但是要从基因的两头设计哈
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7楼2011-05-05 21:10:42
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