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caojinxuan银虫 (正式写手)
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[求助]
有关引物设计问题
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大家好，本人是新手，想请教有关引物设计问题，一下是要扩增的目的基因序列： 1 atggcacaag tcattaatac aaacagcctg tcgctgttga cccagaataa cctgaacaaa 61 tcccagtccg ctctgggcac cgctatcgag cgtctgtctt ccggtctgcg tatcaacagc 121 gcgaaagacg atgcggcagg tcaggcgatt gctaaccgtt ttaccgcgaa catcaaaggt 181 ctgactcagg cttcccgtaa cgctaacgac ggtatctcca ttgcgcagac cactgaaggc 241 gcgctgaacg aaatcaacaa caacctgcag cgtgtgcgtg aactggcggt tcagtctgct 301 aacagcacca actcccagtc tgacctcgac tccatccagg ctgaaatcac ccagcgcctg 361 aacgaaatcg accgtgtatc cggccagact cagttcaacg gcgtgaaagt cctggcgcag 421 gacaacaccc tgaccatcca ggttggtgcc aacgacggtg aaactatcga tatcgatctg 481 aagcagatca actctcagac cctgggtctg gatacgctga atgtgcaaca aaaatataag 541 gtcagcgata cggctgcaac tgttacagga tatgccgata ctacgattgc tttagacaat 601 agtactttta aagcctcggc tactggtctt ggtggtactg accagaaaat tgatggcgat 661 ttaaaatttg atgatacgac tggaaaatat tacgccaaag ttaccgttac ggggggaact 721 ggtaaagatg gctattatga agtttccgtt gataagacga acggtaaggt gactcttgct 781 ggcggtgcga cttccccgct tacaggtgga ctacctgcga cagcaactga ggatgtgaaa 841 aatgtacaag ttgcaaatgc tgatttgaca gaggctaaag ccgcattgac agcagcaggt 901 gttaccggca cagcatctgt tgttaagatg tcttatactg ataataacgg taaaactatt 961 gatggtggtt tagcagttaa ggtaggcgat gattactatt ctgcaactca aaataaagat 1021 ggttccataa gtattaatac tacgaaatac actgcagatg acggtacatc caaaactgca 1081 ctaaacaaac tgggtggcgc agacggcaaa accgaagttg tttctattgg tggtaaaact 1141 tacgctgcaa gtaaagccga aggtcacaac tttaaagcac agcctgatct ggcggaagcg 1201 gctgctacaa ccaccgaaaa cccgctgcag aaaattgatg ctgctttggc acaggttgac 1261 acgttacgtt ctgacctggg tgcggtacag aaccgtttca actccgctat taccaacctg 1321 ggcaacaccg taaacaacct gacttctgcc cgtagccgta tcgaagattc cgactacgcg 1381 accgaagttt ccaacatgtc tcgcgcgcag attctgcagc aggccggtac ctccgttctg 1441 gcgcaggcga accaggttcc gcaaaacgtc ctctctttac tgcgttaa FLICF: 5`-gggaattc CATATG gcacaag tcattaatac-3` FLICR: 5`-ccgCTCGAG ttaacccagtaaagagaggacgt-3` 这是我设计的引物，不知道可行不可行 |
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2楼2011-04-30 05:09:15
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5楼2011-04-30 11:33:00
caojinxuan
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【答案】应助回帖
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西瓜(金币+5, EPI+1): 辛苦了！ 2011-05-04 00:47:56
西瓜(金币+5, EPI+1): 辛苦了！ 2011-05-04 00:47:56
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这是不是你的载体序列 ？如果不是，请提供一下你的两个酶切之间的序列，及读码 我在网上搜的，如果不对的话，你提供一下 图谱  序列 NdeI Type II restriction enzyme 5' CA^TATG 3' NcoI Type II restriction enzyme 5' C^CATGG 3' NdeI 和NcoI 之间的序列， C ATA TGG CTG CCG CGCGGCACCAGGCCGCTGCTGTGATGATGATGATGATGGCTGCTGCCCATGGTATATCTCCTTCTTAAAGTTAAACAAAATTATTTCTAGAGGGGAATTGTTATCCGCTCACAATTCCCCTATAGTGAGTCGTATTAATTTCGCGGGATCGAGATC 如果我现在给出的两个酶之间的序列是对的，那你的引物不仅退火温度相差大， 而且读码框也改变了，所以你自己多看书，好好琢磨一下吧 这是第一步，如果这里弄不好，下边做再多也没用 ps：偶是新手，如有不当之处，欢迎讨论 |
8楼2011-05-03 23:27:15
caojinxuan
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9楼2011-05-04 09:15:25
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10楼2011-05-05 00:23:16