应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！PCR产物测序找不到引物
51/1返回列表
查看: 3174  |  回复: 17
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

H-xiangzhu

金虫 (正式写手)

[求助] 急！PCR产物测序找不到引物已有1人参与

我想做放线菌的16rDNA鉴定，先提取总DNA，PCR产物直接测序，引物采用细菌通用引物，大小在1500bp这样，但是测序结果发现找不到因为序列，请问我该怎么办呢？是什么问题呢？请高手帮忙。非常感谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

测序相关问题

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
共同学习，一起进步
1楼2012-12-30 23:49:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+4, 欢迎应助 2013-01-05 17:31:20
你的PCR产物是1500bp的，测序图片的前100bp的峰都不可信，最后面的电泳峰（800bp以后）峰的信噪比比较低，大峰下面套小峰，都不能认为测到的序列。
如果你想在测序结果中找到引物序列（用上游引物测序的话，测序的结果最后的一段序列中只能找到与下游引物的反向互补序列一致的碱基；反之用下游引物测序，只能找到上游引物的反向互补序列），这是在你测得的序列可信的情况下才能得到的结果。你的PCR产物送去测序，测得的序列绝对不可能得到1500bp的结果的。
所以讲了这么一大堆，如果你想要从测序结果中得到引物序列，一个办法是分段测序，分三段，每500bp测一个，这样得到的序列3个拼接起来就能得到很好的结果了，也能找到你的引物序列了。
赞一下 回复此楼
6楼2013-01-04 15:33:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序结果在引物附近的分辨率非常低，给出的序列一般不包括引物，引物后面的十几个碱基也有可能缺失。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-31 06:14:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-31 11:34:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

H-xiangzhu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihongbo840427 at 2012-12-31 11:34:09
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。

我是采用了双向测序，那请问我需要做什么呢、？可以达到目的
赞一下 回复此楼
共同学习，一起进步
4楼2013-01-02 22:03:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 18 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭