24小时热门版块排行榜    

查看: 1511  |  回复: 8

zhaohu200801

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】测序问题,求助高手。

做TA克隆时,测序结果只找到上游引物,找不到下游引物。经过BLast,相似度只有30%,不知道什么原因。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yynzcx

银虫 (小有名气)

恭喜!恭喜!
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2565295
2楼2010-11-06 12:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

zhaohu200801(金币+1):哦,谢谢 2010-11-06 18:12:06
zhaohu200801(金币+1):再送你一个 2010-11-06 18:21:57
测错了。 我测序也会遇到这样的。 假阳性克隆。
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2567462&fpage=1
3楼2010-11-06 15:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaohu200801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-11-06 15:01:54:
测错了。 我测序也会遇到这样的。 假阳性克隆。
本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2567462&fpage=1

长出来的菌不多,而且还挺小的,那到底是什么原因造成的假阳性克隆啊?是简并引物设计的不对吗?还是模板的问题啊?都研三了,实验做了一年多了还没点进展,急!
4楼2010-11-06 18:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
scelab(金币+5):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-06 23:51:31
zhaohu200801(金币+1):谢谢 2010-11-07 14:19:10
引用回帖:
Originally posted by zhaohu200801 at 2010-11-06 18:20:38:

长出来的菌不多,而且还挺小的,那到底是什么原因造成的假阳性克隆啊?是简并引物设计的不对吗?还是模板的问题啊?都研三了,实验做了一年多了还没点进展,急!

1  感受态质量

2  连接效率

3  片段长短

4  抗生素浓度

5  其他操作


1235会造成假阳性,1-5会造成菌少且小。

克隆的不好,关引物设计什么事情。 引物设计的pcr产物,在连接前不应该有确认么? 模板的确认也是pcr那步该做的。
5楼2010-11-06 21:25:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

胖无名

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
scelab(金币+3):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-11-06 23:51:41
zhaohu200801(金币+1):谢谢 2010-11-07 14:19:36
这个原因可多了,1 你测序是测通还是单向,2 克隆的片段多大,如果片段较长而又是单向测序的话,只找到一个引物是不足为奇的,3 送去测序的样品有没有经过酶切验证或菌落PCR验证,4 你是哪家给测的序,测错也不是没有可能
6楼2010-11-06 22:23:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaohu200801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 胖无名 at 2010-11-06 22:23:18:
这个原因可多了,1 你测序是测通还是单向,2 克隆的片段多大,如果片段较长而又是单向测序的话,只找到一个引物是不足为奇的,3 送去测序的样品有没有经过酶切验证或菌落PCR验证,4 你是哪家给测的序,测错也不是 ...

我是测通,克隆片段不大,350bp左右,送去测序的样品经过了酶切验证和菌落PCR验证,都还不错,是华大基因公司给测的序,难道测错了?通过比对,相似度才只有30%。
7楼2010-11-07 19:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaohu200801

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yixuanwin at 2010-11-06 21:25:20:


1  感受态质量

2  连接效率

3  片段长短

4  抗生素浓度

5  其他操作


1235会造成假阳性,1-5会造成菌少且小。

克隆的不好,关引物设计什么事情。 引物设计的pcr产物,在连接前不应该有确认 ...

pcr产物第一次没扩出来,二次扩增才扩出来,还挺亮的,关键是测序结果一比对,才只有30%左右的相似度,所以我才怀疑是在设计简并引物的时候出的问题,我克隆的是未知序列的基因。
8楼2010-11-07 19:39:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

love三人游

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我的也是华大测得,也是相似性很高,但是我得到反向互补序列之后相似性很高,策反了没有啊
9楼2012-01-05 21:14:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhaohu200801 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程调剂 +6 大可digkids 2026-03-16 6/300 2026-03-16 17:16 by barlinike
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +3 大火山小火山 2026-03-16 5/250 2026-03-16 16:54 by barlinike
[考研] 0703化学336分求调剂 +3 zbzihdhd 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by 我的船我的海
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 +6 妮妮ninicgb 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +5 d如愿上岸 2026-03-12 8/400 2026-03-16 15:19 by peike
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +5 薛云鹏 2026-03-15 5/250 2026-03-15 20:38 by Logic2024
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 26考研调剂 +3 ying123. 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:18 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
请填处理意见