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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！PCR产物测序找不到引物
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)

[求助] 急！PCR产物测序找不到引物已有1人参与

我想做放线菌的16rDNA鉴定，先提取总DNA，PCR产物直接测序，引物采用细菌通用引物，大小在1500bp这样，但是测序结果发现找不到因为序列，请问我该怎么办呢？是什么问题呢？请高手帮忙。非常感谢！
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共同学习，一起进步
1楼2012-12-30 23:49:23
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lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2013-01-05 17:30:05
不用客气的。如果要求很严苛，想要得到的数据用来发表，还是做克隆吧。不做克隆是无法得到全长的16s rRNA序列的。如果只是用来鉴定均属的话，双向测序的结果拼接重合的部分的可信度最高，选取这部分去NCBI进行blast就能比对出菌属了。选取的比对序列长度越长，得到的结果中越准确，大于95%的就可以认为是同属了。
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10楼2013-01-05 15:47:25
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序结果在引物附近的分辨率非常低，给出的序列一般不包括引物，引物后面的十几个碱基也有可能缺失。
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2楼2012-12-31 06:14:36
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lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。
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3楼2012-12-31 11:34:09
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihongbo840427 at 2012-12-31 11:34:09
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。

我是采用了双向测序，那请问我需要做什么呢、？可以达到目的
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共同学习，一起进步
4楼2013-01-02 22:03:18
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