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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 反转录PCR扩增后条带问题
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天yi

铜虫 (小有名气)

[求助] 反转录PCR扩增后条带问题

最近在做反转录PCR，事先通过Primer5.0确定了引物位置，扩增出的目的条带应该有1500bp，不知道为什么我做出来的只有500bp左右，求高人指点啊？我是新手，这方面不怎么懂.
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1楼 2012-10-18 20:43:24
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guoxingliu

木虫 (小有名气)
到ncbi比对一下，看是否有同源的刚好是500bp。
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6楼2012-10-23 17:31:07
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
会不会是没考虑内含子？如果是根据基因组DNA设计的引物，而碰巧这1500bp里面有内含子，就可能出现这种情况。因为从RNA反转录来的cDNA是不包括内含子的。
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2楼2012-10-18 20:54:11
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天yi

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-10-18 20:54:11
会不会是没考虑内含子？如果是根据基因组DNA设计的引物，而碰巧这1500bp里面有内含子，就可能出现这种情况。因为从RNA反转录来的cDNA是不包括内含子的。

PCR扩增目的条带有2300bp，内含子大约只有800bp，就是去掉内含子之后应该是1500bp
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3楼2012-10-19 14:23:59
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guoxingliu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
天yi: 金币+1 2012-10-22 21:28:57
设计的引物特异性好吗，否则可能反转录的是整个cDNA的部分序列，建议在检查检查！
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4楼2012-10-21 09:21:31
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