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love04love07

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助:图位克隆最后测序阶段的问题

前段做水稻一个基因的精细定位,已经将该基因定位到140KB。目前正在进行测序工作,其中遇到了好多困难,请各位帮帮忙吧,小弟在此谢过了。

1、群体有两千多,而且离着丝点不算近,但是却只能定到140KB,是不是和杂交的品种有关系?

2、如何测序更效率高?我们现在是做两管PCR,大小在800bp左右,一管测正向,一管测反向。听别人说可以几管混起来测,不知道哪个更准确呢?

3、我们目前测序是按NCBI的预测序列,但是又发现gramene里面的预测和NCBI有很大出入,不知道该以哪个为准?
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huzhen1990

铜虫 (初入文坛)

楼主请问怎样在gramene和NCBI上预测序列的啊?我定位的进度和你一样,定在120kb就定不进去了,后续步骤不知道怎么做了。
2楼2012-07-03 12:25:53
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川

金币返还 帮顶一次
海纳百川止于至善
3楼2013-07-02 09:58:44
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phdcheng

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2013-07-03 15:48:43
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dingxianlo

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by phdcheng at 2013-07-03 15:48:43
我做大豆定位,最近刚定出两个突变体,找到突变基因,我也是将定位区间锁定在200kb左右,就没有杂合子了,之后,我把工作的重心不是放在定位上了,就是在这200kb的区间范围内,找出所有的基因以及已经注释基因的功能 ...

请问我打算做大豆质核雄性不育系和恢复系恢复基因的精细定位,并想通过图位克隆技术将恢复基因克隆出来并进行功能验证,不知道是否可行
未来掌握在自己手中,希望通过这个网站认识更多的朋友,能在学习、工作、生活上相互帮忙。爱拼才会赢!
5楼2013-07-16 10:31:51
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