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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】测序已有11人参与

我做的是RNA反转录后的PCR产物测序,正向测序,反向测序什么差异,得到的序列是正向还是反向?
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amilie030312

金虫 (正式写手)

★ ★
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dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-10-27 10:02:29
你的目的片段有多长呢?
一般单向测序只能保证600的精准性,有得承诺保证800但我觉得可靠性不高,去掉头上的引物部分所以没多长的,所以双向测序是两个方向测然后把序列转换好了之后再进行对比,全部一样的部分的准确性最好最可信,其余的部分我认为都不能相信的。另外还有一些送的PCR产物的或者回收产物的,可能存在大于600bp的情况,那就只能双向测序后再拼接到一起了。
10楼2010-10-27 09:36:42
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mazhenning

新虫 (初入文坛)

双向测序可以提高测序的准确度。厂家应该给你的是双向的两个序列。
2楼2010-10-26 20:41:26
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-10-26 20:41:26:
双向测序可以提高测序的准确度。厂家应该给你的是双向的两个序列。

但是我测两段产物,正反两向只有96%,99%相似,是什么原因呢?

[ Last edited by 飘在海上的雪 on 2010-10-26 at 20:51 ]
不在沉默中爆发,就在沉默着死亡!
3楼2010-10-26 20:46:06
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mazhenning

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 飘在海上的雪 at 2010-10-26 20:46:06:

但是正反两向只有96%相似,是什么原因呢?

是中间序列不匹配,还是两端的?
4楼2010-10-26 20:48:29
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ben1147

木虫 (正式写手)


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楼主把载体序列去掉了么?
5楼2010-10-26 21:35:45
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union_david

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-10-27 07:03:58
双向测通准确率高一些,而且可以互相验证。你正向、反向测序也应该是与目的序列比对的,而且两端碱基序列由于测序技术上的原因时不能避免出现错误的。
6楼2010-10-26 22:19:31
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-10-26 20:48:29:

是中间序列不匹配,还是两端的?

两端和中间都有。
不在沉默中爆发,就在沉默着死亡!
7楼2010-10-26 23:12:12
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tigertang

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这很正常,正反测序列不一致,必须检查测序的峰图,确定哪一个更准确,如有需要,可以传给我
8楼2010-10-26 23:51:08
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-10-26 21:35:45:
楼主把载体序列去掉了么?

我测的是PCR产物
不在沉默中爆发,就在沉默着死亡!
9楼2010-10-27 08:14:51
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