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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】测序
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】测序 已有11人参与

我做的是RNA反转录后的PCR产物测序，正向测序，反向测序什么差异，得到的序列是正向还是反向？
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不在沉默中爆发，就在沉默着死亡！
1楼 2010-10-26 20:00:27
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amilie030312

金虫 (正式写手)
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dhd997(金币+1):鼓励交流。 2010-10-27 10:02:29
你的目的片段有多长呢？
一般单向测序只能保证600的精准性，有得承诺保证800但我觉得可靠性不高，去掉头上的引物部分所以没多长的，所以双向测序是两个方向测然后把序列转换好了之后再进行对比，全部一样的部分的准确性最好最可信，其余的部分我认为都不能相信的。另外还有一些送的PCR产物的或者回收产物的，可能存在大于600bp的情况，那就只能双向测序后再拼接到一起了。
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10楼2010-10-27 09:36:42
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普通回帖

mazhenning

新虫 (初入文坛)
双向测序可以提高测序的准确度。厂家应该给你的是双向的两个序列。
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2楼2010-10-26 20:41:26
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-10-26 20:41:26:
双向测序可以提高测序的准确度。厂家应该给你的是双向的两个序列。

但是我测两段产物，正反两向只有96%，99%相似，是什么原因呢？

[ Last edited by 飘在海上的雪 on 2010-10-26 at 20:51 ]
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3楼2010-10-26 20:46:06
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mazhenning

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
Originally posted by 飘在海上的雪 at 2010-10-26 20:46:06:

但是正反两向只有96%相似，是什么原因呢？

是中间序列不匹配，还是两端的？
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4楼2010-10-26 20:48:29
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
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楼主把载体序列去掉了么？
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5楼2010-10-26 21:35:45
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union_david

木虫 (正式写手)
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reasonspare(金币+2):谢谢分享。 2010-10-27 07:03:58
双向测通准确率高一些，而且可以互相验证。你正向、反向测序也应该是与目的序列比对的，而且两端碱基序列由于测序技术上的原因时不能避免出现错误的。
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6楼2010-10-26 22:19:31
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mazhenning at 2010-10-26 20:48:29:

是中间序列不匹配，还是两端的？

两端和中间都有。
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7楼2010-10-26 23:12:12
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tigertang

木虫 (著名写手)
★
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这很正常，正反测序列不一致，必须检查测序的峰图，确定哪一个更准确，如有需要，可以传给我
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8楼2010-10-26 23:51:08
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飘在海上的雪

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-10-26 21:35:45:
楼主把载体序列去掉了么？

我测的是PCR产物
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9楼2010-10-27 08:14:51
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