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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 长片段测序
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川

[求助] 长片段测序

长片段测序的方法有哪些好一点（性价比最好的） 可以提供几个公司么？
片段大概有13000bp左右 没有特殊结构 就是线粒体的一部分
谢谢了
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海纳百川止于至善
1楼 2011-07-04 15:18:40
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
1949stone(金币+4): 我想知道长片段测序呢 1万多的片段 2011-07-04 16:43:09
dhd997(金币+3): good 2011-07-04 18:03:02
生工和金斯瑞标称都是用的ABI-PRISM3730，号称国际先进：

我的生工测序说明，序列长度5000bp做定点。
测序结果：与NCBI序列完全相同（定点突变除外）。

测序时，由于荧光染料的干扰，测序结果在引物3'端后面的10至30个，严重时可能达到70个以上碱基不一定能够准确判读，需您根据自己的已知序列信息及测序彩图作出判断。
所用测序仪器为ABI-PRISM3730，测序试剂为BigDyeterminator v3.1。ABI公司对仪器的性能说明为：正常情况下，除了开始约10至30个碱基，在650bp以内可以达到98.5%以上的准确率，但仪器及软件有时也会发生错读或漏读碱基的情况，此时需要您自己判断具体是什么碱基。所以，一般只有进行正反链同时测序，在两个序列完全吻合的情况下，才能确保所得序列100%可靠。单靠一个方向测序得到完全准确的序列是几乎不可能的，这是由仪器本身的性能指标决定的。
正常情况下，一个测序反应可以得到800bp以上，但一般在700bp以后的序列只能作为参考。

也可以考虑华大基因，以前联系过，￥50000测4M的基因组，性价比较高，还附带基因组标注，大片段是他们的强项。
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2楼2011-07-04 15:56:07
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beautybanana

木虫 (著名写手)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2011-07-05 00:46:16
引用回帖:
Originally posted by 1949stone at 2011-07-04 15:18:40:
长片段测序的方法有哪些好一点（性价比最好的） 可以提供几个公司么？
片段大概有13000bp左右 没有特殊结构 就是线粒体的一部分
谢谢了

这个你可以打电话问问一些公司负责测序的业务员，有的业务员可能也不太明白则可以问问技术支持，现在测序也不是件难事，一般的准确度我觉得差别不大，误差应该都在所规定的范围内，就是服务质量问题，价格可能略有差异，我知道的一些公司，一般上海这边的有invitrogen,上海生工,还有大连的TaKaRa公司，价格可以在他们的网站上看看。
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3楼2011-07-04 15:56:39
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nickychen

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1949stone(金币+2): 长片段测序好像不太一样 2011-07-04 16:46:14
诺赛，英骏，生工，都可以，好点的可以去TAKARA测。要贵很多。
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4楼2011-07-04 16:36:08
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足下客

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-07-04 18:03:15
1949stone(金币+4): 谢谢 2011-07-05 10:43:02
曾经有一段时间都是让英骏（现在的英杰公司）测序，后来发现他们有时候的速度实在是太慢了。现在都是在美吉测，感觉还不错。
华大基因的全基因组测序应该是比较可靠的吧。
但我觉得5K也不算太长，所以一般的公司都能测的。
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5楼2011-07-04 16:55:44
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-07-05 00:46:33
1949stone(金币+4): 普通的方式测不出来 不知为何 2011-07-05 10:43:55
下午有事，看到了没回
一个片段按600bp算，加上合成测序引物的钱，一个片段约￥45（金斯瑞）。13000bp需要13000/600*45=￥975，不算贵啊。不同公司测序价格差不了几块钱，长片段还有优惠的。
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6楼2011-07-04 22:04:53
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
引用回帖:
Originally posted by gwbk at 2011-07-04 22:04:53:
下午有事，看到了没回
一个片段按600bp算，加上合成测序引物的钱，一个片段约￥45（金斯瑞）。13000bp需要13000/600*45=￥975，不算贵啊。不同公司测序价格差不了几块钱，长片段还有优惠的。

我送了几家公司测序  但是结果都只测出1000多 我不知道是何原因 他们要我用pcr重测序  要近一万啊
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海纳百川止于至善
7楼2011-07-05 10:42:25
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
引用回帖:
Originally posted by 足下客 at 2011-07-04 16:55:44:
曾经有一段时间都是让英骏（现在的英杰公司）测序，后来发现他们有时候的速度实在是太慢了。现在都是在美吉测，感觉还不错。
华大基因的全基因组测序应该是比较可靠的吧。
但我觉得5K也不算太长，所以一般的公司 ...

我还有个13000的呢
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海纳百川止于至善
8楼2011-07-05 10:43:14
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青菜小虫

银虫 (著名写手)

风居住的街道

【答案】应助回帖

1949stone(金币+2): 谢谢 2011-07-05 11:56:00
觉得还是选华大吧，这个测通的话应该不是很贵。英俊测序太慢了
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生命即这般无尽变数，辗转来去皆苛求不得
9楼2011-07-05 10:45:43
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thinka

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

1949stone(金币+4): 谢谢 我催他们下 有时候会测不出来 是为啥 2011-07-05 11:56:38
这个长度,无论送哪测他们都是用3730,就看他们合测序引物和测序的速度了。你要直接联系业务员让他盯一下。
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10楼2011-07-05 10:58:39
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