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tingl0087

金虫 (小有名气)

[交流] RT-PCR后的cDNA呢? 已有5人参与

今天做真菌RT-PCR合成cDNA第一链,但是却出现下图结果,我的目的RNA应是1000多bp,请做过的虫子帮忙分析下原因。marker是DL2000,最右面是RNA,中间两道分别是用oligo(dT)和随机引物作引物的结果。

[ Last edited by amisking on 2010-5-10 at 18:18 ]
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


tingl0087(金币+1,VIP+0):那这种情况我应该继续往下做吗? 8-11 22:09
总cDNA本来就是一片smear的……
2楼2009-08-11 21:37:31
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

这种情况才是正常的~~~
我现在都不跑cDNA电泳,逆转录之后直接PCR
3楼2009-08-11 22:14:15
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pigsunny

铜虫 (小有名气)

我都不跑cDNA电泳,逆转录之后直接PCR
学习成就未来!
4楼2009-08-11 23:21:33
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)


tingl0087(金币+1,VIP+0):谢谢!恍然大悟~ 8-12 23:19
这样跑胶没有意义,你看到的其实是降解的RNA, EB只能和双链DNA结合,不能和单链cDNA结合。就算结合你也看不到条带,cDNA的大小不等,你想看到多大的呢?
5楼2009-08-11 23:35:25
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


tingl0087(金币+1,VIP+0):哦,谢谢! 8-12 23:28
EB和单链DNA的结合能力较弱并非无法结合
或者说,单链DNA的行程的局部双链数不如等长双链的多
6楼2009-08-11 23:38:23
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蓝皮鼠7983

至尊木虫 (文坛精英)

飞过蓝天

海到尽头天做岸,山登绝顶我为峰。
7楼2009-08-12 00:42:38
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wangqk198738

金虫 (正式写手)

绝对有问题!


tingl0087(金币+1,VIP+0):我查过文献真核生物RNA是有3条带的啊。。。 8-12 23:23
不管怎么说,如果你提取的是总RNA那就是你自己的设计程序有问题了,你自己想想啊,总RNA在跑样的时候是不是两条带,很显然的,你的最右边的是三条带,怎么可能呢,我也出现过类似的情况,但后来就没有了,。此外我实在不敢恭维你的照相技术,曝光这么差,调一下就很好的,也不至于你的另外两条带看不清楚。
8楼2009-08-12 07:58:09
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panacea007

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
tingl0087(金币+2,VIP+0):谢谢! 8-12 23:25
tingl0087(金币+2,VIP+0):今天直接RT后做了PCR,可是只有引物二聚体,照你的经验,可能是什么原因呢?再谢谢了! 8-12 23:32
引用回帖:
Originally posted by wangqk198738 at 2009-8-12 07:58:
不管怎么说,如果你提取的是总RNA那就是你自己的设计程序有问题了,你自己想想啊,总RNA在跑样的时候是不是两条带,很显然的,你的最右边的是三条带,怎么可能呢,我也出现过类似的情况,但后来就没有了,。此外我 ...

真菌这类真核生物,如果用Trizol提RNA,本来就应该有3条带吧,5.8S, 18 S, 28 S RNA,没有错。

cDNA基本上电泳看不出条带的,就是smear,楼主不用电泳了,直接逆转录,没有问题。cDNA的量本来就少,加上是单链,看不出自己目的条带的。18S,28S RNA 能看到,是因为它的浓度非常大,有比较均一,一样的大小。
9楼2009-08-12 11:19:19
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anik

银虫 (正式写手)

正常现象。
10楼2009-08-12 14:51:01
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