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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 请问pcr产物约为450bp的大小,可以用来做 real time RT-PCR吗? 已有1人参与

如题,我现在设计的引物所能扩增出来的产物只有400多bp的专一性最好,扩增效率也非常理想,所以我想用这对引物做real time pcr, 可以吗?我也试过了设计其他引物来扩增100到200bp左右的产物,但是都不适合做real time pcr.
急,求回复。感谢有经验的高手解答疑惑!
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2013-12-26 13:00:35
可以,不要超过500bp,注意内参扩增片段大小要和目的基因片段基本一样大。
2楼2013-12-26 11:04:40
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-26 11:04:40
可以,不要超过500bp,注意内参扩增片段大小要和目的基因片段基本一样大。

请问一下  为什么内参需要和目的基因一样大 是因为扩增时间的原因么
生命不息奋斗不止
3楼2013-12-26 19:18:29
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 冷雁孤旅 at 2013-12-26 19:18:29
请问一下  为什么内参需要和目的基因一样大 是因为扩增时间的原因么...

不是的。因为扩增片段的长短的差异会影响逆转录时的效率。同一PCR程序扩增不同大小的片段也会稍有差别。
4楼2013-12-27 08:05:34
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-27 08:05:34
不是的。因为扩增片段的长短的差异会影响逆转录时的效率。同一PCR程序扩增不同大小的片段也会稍有差别。...

哦 谢谢
生命不息奋斗不止
5楼2013-12-27 14:32:31
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wybiology

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-26 11:04:40
可以,不要超过500bp,注意内参扩增片段大小要和目的基因片段基本一样大。

谢谢您的回复!
还有一个问题,请问一下。
我有4个基因需要做real time PCR。有两个是150bp的,但是另外两个是450左右的。而我的内参是140bp。那么对于不同长度的目的片段我分两次做应该就没什么影响了吧. 但是我的内参也就140bp,在做450bp的不用内参这样可以吗?
6楼2013-12-29 15:49:04
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wybiology at 2013-12-29 15:49:04
谢谢您的回复!
还有一个问题,请问一下。
我有4个基因需要做real time PCR。有两个是150bp的,但是另外两个是450左右的。而我的内参是140bp。那么对于不同长度的目的片段我分两次做应该就没什么影响了吧. 但是我 ...

为内参再设计一对450bp左右的引物。
7楼2013-12-29 16:10:14
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-27 08:05:34
不是的。因为扩增片段的长短的差异会影响逆转录时的效率。同一PCR程序扩增不同大小的片段也会稍有差别。...

还有一个问题想要请教一下 一直在困惑我  我在提取RNA想要做逆转录之后半定量,事实上实验室条件有限 RNA很多时候都有降解,我打算用16s作为内参,在做半定量的额时候没问题吧?目的RNA降解,16S也跟着降解 但是老师说解效率不一样,因为RNA酶水解是随机的,那么片段越长的RNA其水解几率越大,同时不同批次样品提取的目的RNA和16S降解情况也不一样,所以最好是不要降解的,(但是我们实验室做的RNA都有不同程度的降解)我在想即使每一批的内参和目的片段水解的效率不一致,但是对于同一批的样品来说他们也是按照一定的长度比例来被水解的,所以只要内参被我们固定了,按照比例那么目的片段就被我们固定了,那么即使降解的厉害,但是也是应该可以做半定量以及定量的。RNA的完整性不需要太好,目的基因能扩出来就行,能半定量就行,不知道这个想法对不对  因为关系到我后面的实验方案是否要改  感激不尽 谢谢
生命不息奋斗不止
8楼2013-12-30 10:11:49
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 冷雁孤旅 at 2013-12-30 10:11:49
还有一个问题想要请教一下 一直在困惑我  我在提取RNA想要做逆转录之后半定量,事实上实验室条件有限 RNA很多时候都有降解,我打算用16s作为内参,在做半定量的额时候没问题吧?目的RNA降解,16S也跟着降解 但是老 ...

用于做定量的RNA样品最好是没有降解的。你的导师说得对,不同的RNA的降解程度是不同的。由于mRNA是否有降解是很难判断的,只能以rRNA的完整性来推测。rRNA的质量越好,做出的定量数据越可信。
9楼2013-12-30 14:07:05
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冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-30 14:07:05
用于做定量的RNA样品最好是没有降解的。你的导师说得对,不同的RNA的降解程度是不同的。由于mRNA是否有降解是很难判断的,只能以rRNA的完整性来推测。rRNA的质量越好,做出的定量数据越可信。...

好的 非常感谢你的解答,我尽量在提一提,选取质量比较好的RNA好了
生命不息奋斗不止
10楼2013-12-30 14:20:43
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