应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析
201/2返回列表12下一页
查看: 3394  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold，这些scaffold该怎么分析，能用什么软件将它们拼起来吗，还是有gap不能拼接，因为我想获得它的全基因序列，这个scaffold这么多，是不是要补gap，要是补的话该怎么补，问题有点多，在这方面是新手，求解求解！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-06-15 09:58:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

happy6

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+3, ★有帮助 2015-06-19 08:56:49
测序公司给你的是拼接好的序列，scaffold中间是有gap的，如果可以拼接成完整的序列，测序公司就可以拼接了，最终是要用一代测序的方法去补gap，或者是加入三代测序的数据，重新拼接才有可能得到细菌基因组的全序列。不同的scaffold之间的关系，可以参考已经释放的细菌基因组序列，设计引物进行PCR扩增，之后进行一代测序，从而得到全基因组序列。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-06-18 09:14:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happy6

木虫 (著名写手)
你们老板是想省钱啊，让你做补gap的工作，这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装，那未免太简单了些啦，（当然，二代测序+三代测序数据，一起拼接的除外）哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简单了？办法两个：1、一代测序补洞；2、加入三代测序数据，升级成完成图。祝好运哦！
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2015-06-18 09:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

great07225388

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wangying0923: 金币+3 2015-07-15 08:26:48
看来你们老板确实是想省钱，拿做扫描图或者精细图的钱，想干完成图的事。想利用之前的reads来补洞，基本上是不可实现的，除非重新测序产生新的数据。楼上列举了几种补洞的方法，都是可行的，但是这些工作都得交给公司去做。楼主自己想补洞，难度太大了。精细图距离完成图，距离还是非常大的。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2015-07-14 10:03:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tian150685

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的细菌基因组测序也是公司给了几个scaffold，中间有3个gap需要补，由于gap的大小较小，我是采用PCR拼接的，但是遇到了问题，拼接出来以后的片段大小和我需要补得gap大小不对，正在送去测序，你的gap问题解决了吗？
赞一下(1人) 回复此楼
18楼2015-11-09 15:44:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, ★有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
赞一下 回复此楼
2楼2015-06-17 10:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉
赞一下 回复此楼
3楼2015-06-17 10:54:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fenghan06

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉...

可以尝试， 不过就算你的reads有能够利用的，还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序？
你做的是de novo组合？ 没有reference可以map吗？
赞一下 回复此楼
4楼2015-06-17 11:23:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 11:23:29
可以尝试， 不过就算你的reads有能够利用的，还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序？
你做的是de novo组合？ 没有reference可以map吗？...

不是用自己的电脑，我做的那个细菌基因组序列NCBI已经释放了，可以借助参考，请问你有这方面的经验吗
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-17 14:51:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wangying0923: 金币+5 2015-06-19 09:01:10
你们那些contig是测序公司帮你拼的？ 如果那样子的话就没自己继续拼接的理由了。 你可以使用已有的基因组拼图看大致上还有多大的空缺， 如果小的话可以使用PCR拼接， 大的话， 就再做一轮测序吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
8楼2015-06-18 11:16:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by happy6 at 2015-06-18 09:19:36
你们老板是想省钱啊，让你做补gap的工作，这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装，那未免太简单了些啦，（当然，二代测序+三代测序数据，一起拼接的除外）哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简 ...

谢谢啊，嗯，很有难度的感觉，我自己肯定搞不定，到时直接跟老板说吧
赞一下 回复此楼
9楼2015-06-19 08:58:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-18 11:16:01
你们那些contig是测序公司帮你拼的？ 如果那样子的话就没自己继续拼接的理由了。 你可以使用已有的基因组拼图看大致上还有多大的空缺， 如果小的话可以使用PCR拼接， 大的话， 就再做一轮测序吧。
...

是公司拼接的，现在连个圈形都没看到，就十几个scaffold，scaffold之间顺序都不知道，老板还让我搞定，太高看我了吧，公司都搞不定，唉。。。
赞一下 回复此楼
10楼2015-06-19 09:05:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangying0923 的主题更新
201/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +9 Ldrop2023 2026-08-13 9/450 2026-08-16 13:24 by wukun_007
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭