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great07225388

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wangying0923: 金币+3 2015-07-15 08:26:48
看来你们老板确实是想省钱,拿做扫描图或者精细图的钱,想干完成图的事。想利用之前的reads来补洞,基本上是不可实现的,除非重新测序产生新的数据。楼上列举了几种补洞的方法,都是可行的,但是这些工作都得交给公司去做。楼主自己想补洞,难度太大了。精细图距离完成图,距离还是非常大的。

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11楼2015-07-14 10:03:30
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by great07225388 at 2015-07-14 10:03:30
看来你们老板确实是想省钱,拿做扫描图或者精细图的钱,想干完成图的事。想利用之前的reads来补洞,基本上是不可实现的,除非重新测序产生新的数据。楼上列举了几种补洞的方法,都是可行的,但是这些工作都得交给公 ...

嗯,谢谢,是的哦,完全搞不定,难度太大,都是坑啊
12楼2015-07-15 08:28:05
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great07225388

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-07-15 08:28:05
嗯,谢谢,是的哦,完全搞不定,难度太大,都是坑啊...

扫描图和精细图也可以做很多工作,不是非要用完成图的。建议楼主多看这方面的文章和资料,然后要清楚自己究竟想要做什么,最终决定是否要做完成图。如果真要做完成图,建议还是在目前工作基础上,交给公司去做。

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13楼2015-07-15 08:36:31
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by great07225388 at 2015-07-15 08:36:31
扫描图和精细图也可以做很多工作,不是非要用完成图的。建议楼主多看这方面的文章和资料,然后要清楚自己究竟想要做什么,最终决定是否要做完成图。如果真要做完成图,建议还是在目前工作基础上,交给公司去做。
...

嗯,好的,谢谢
14楼2015-07-16 08:50:00
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fenghen360

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-19 09:05:07
是公司拼接的,现在连个圈形都没看到,就十几个scaffold,scaffold之间顺序都不知道,老板还让我搞定,太高看我了吧,公司都搞不定,唉。。。...

360795768我QQ, 我可以帮你试一试
15楼2015-07-31 14:16:04
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by fenghen360 at 2015-07-31 14:16:04
360795768我QQ, 我可以帮你试一试...

已加
16楼2015-08-02 09:38:29
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liuzeying

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
13楼: Originally posted by great07225388 at 2015-07-15 08:36:31
扫描图和精细图也可以做很多工作,不是非要用完成图的。建议楼主多看这方面的文章和资料,然后要清楚自己究竟想要做什么,最终决定是否要做完成图。如果真要做完成图,建议还是在目前工作基础上,交给公司去做。
...

您好,能不能推荐本涉及怎么分析细菌基因组测序结果的书啊,谢谢啦。还有一个问题,精细图不是应该比完成图价格更高,得到的东西更全吗?刚接触不懂,谢谢啊
小土豆
17楼2015-10-22 21:35:59
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tian150685

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的细菌基因组测序也是公司给了几个scaffold,中间有3个gap需要补,由于gap的大小较小,我是采用PCR拼接的,但是遇到了问题,拼接出来以后的片段大小和我需要补得gap大小不对,正在送去测序,你的gap问题解决了吗?
18楼2015-11-09 15:44:03
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poppinzyoung

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

PCR walking引物设计怎么设计呀?
19楼2019-02-25 08:29:17
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梅西大哥梅东

新虫 (正式写手)

测的也太差劲,用三代拼出来都是0gap

发自小木虫Android客户端
20楼2019-02-26 21:19:16
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