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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold,这些scaffold该怎么分析,能用什么软件将它们拼起来吗,还是有gap不能拼接,因为我想获得它的全基因序列,这个scaffold这么多,是不是要补gap,要是补的话该怎么补,问题有点多,在这方面是新手,求解求解!
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-18 11:16:01
你们那些contig是测序公司帮你拼的? 如果那样子的话就没自己继续拼接的理由了。 你可以使用已有的基因组拼图看大致上还有多大的空缺, 如果小的话可以使用PCR拼接, 大的话, 就再做一轮测序吧。
...

是公司拼接的,现在连个圈形都没看到,就十几个scaffold,scaffold之间顺序都不知道,老板还让我搞定,太高看我了吧,公司都搞不定,唉。。。
10楼2015-06-19 09:05:07
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fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, 有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
2楼2015-06-17 10:20:38
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉
3楼2015-06-17 10:54:08
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fenghan06

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉...

可以尝试, 不过就算你的reads有能够利用的,还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序?
你做的是de novo组合? 没有reference可以map吗?
4楼2015-06-17 11:23:29
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