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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 微生物基因组比对分析求助
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weinerchen

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物基因组比对分析求助 已有2人参与

我的一个细菌基因组测序得到精细图（scaffolds）,我想将这些scaffolds和该细菌的近缘种进行序列比对，对scaffold进行排序，初步确定基因组的序列顺利。
请问一下，我该用什么软件进行高效比对？即一个scaffold和近缘种基因组序列进行比对或全部scaffold和基因组序列进行比对。
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1楼 2011-11-02 20:25:31
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daqwu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
scelab(金币+5): 高手啊，谢谢交流 2011-11-04 15:47:32
普通的blast就可以，把你要比的基因组建一个database,以你要比的scaffold作为query序列比对就行，比对结果，建议加一个参数-m 8，这样出的结果是excel格式，方便看一些。
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2楼2011-11-04 10:40:54
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人
引用回帖:
2楼: Originally posted by daqwu at 2011-11-04 10:40:54:
普通的blast就可以，把你要比的基因组建一个database,以你要比的scaffold作为query序列比对就行，比对结果，建议加一个参数-m 8，这样出的结果是excel格式，方便看一些。

请问参数-m8加在哪里？
能否贴个图上来？
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小木虫之有关部门负责人
3楼2011-11-04 15:52:03
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daqwu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
scelab(金币+3): :sweat:不懂程序。。。不过还是谢谢你 2011-11-04 21:05:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by scelab at 2011-11-04 15:52:03:
请问参数-m8加在哪里？
能否贴个图上来？

在linux系统里，可以写下面的命令实现
blastall -p blastp -d db/nr/nr -i *.fasta -m 8 -o *.out ;
在本机windows系统里，一些序列处理软件会有参数输入栏，在那输-m 8，也可以
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4楼2011-11-04 20:37:45
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weinerchen

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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5楼2012-11-03 20:34:00
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阿南hmily

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by weinerchen at 2012-11-03 20:34:00
各位大侠，有用过MAUVE软件吗？目前正在使用MAUVE进行基因组的比对工作。我获得的序列是一株细菌的精细图，含有55个contigs（大片段）。我提交fasta格式的两个基因组序列文件（目的基因组1.fasta和参考基因组2.fast ...

弱弱的问一下，楼主关于mauve的软件问题解决了吗？
我最近在做基因组比对，安装了基因组比对软件mauve，也安装了java，可是还是运行不了，依次出现如下的界面，求指导！！！或者能给我个这个软件的安装包吗？
微生物基因组比对分析求助
打开界面.jpg


微生物基因组比对分析求助-1
运行界面.jpg
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6楼2014-12-24 12:50:25
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张、小杨

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by daqwu at 2011-11-04 10:40:54
普通的blast就可以，把你要比的基因组建一个database,以你要比的scaffold作为query序列比对就行，比对结果，建议加一个参数-m 8，这样出的结果是excel格式，方便看一些。

你好 我是全基因组的新手，现在从0开始分析数据 什么都不懂，，，感觉你是大神啊~能推荐几个软件吗？ 我刚拿到了一个细菌的全基因组的完成图，想找到一对引物 做该菌测定量pcr 万分感谢了~
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请叫我张有才、
7楼2016-05-10 16:13:16
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！

【答案】应助回帖

我觉得看亲缘关系你可以直接选择16S来进行比对，看一下相似度。
另外，如果你想做同源性，可以找出你的物种与近缘物种的直系同源基因，再看直系同源基因的相似度，或者使用这些基因构建联合基因树
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8楼2016-05-13 12:47:55
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
引用回帖:
3楼: Originally posted by scelab at 2011-11-04 15:52:03
请问参数-m8加在哪里？
能否贴个图上来？...

如果是新的blast软件的话，参数都变了
变成:
blastn -query your.file -db database -evalue 1e-5 -out out.file -outfmt 6

这里面的-outfmt 6就是老版本blast里面的-m 8
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9楼2016-05-13 12:51:47
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
我好像挖坟了……我错了……
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10楼2016-05-13 12:52:25
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