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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析
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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold，这些scaffold该怎么分析，能用什么软件将它们拼起来吗，还是有gap不能拼接，因为我想获得它的全基因序列，这个scaffold这么多，是不是要补gap，要是补的话该怎么补，问题有点多，在这方面是新手，求解求解！
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1楼 2015-06-15 09:58:51
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happy6

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+3, ★有帮助 2015-06-19 08:56:49
测序公司给你的是拼接好的序列，scaffold中间是有gap的，如果可以拼接成完整的序列，测序公司就可以拼接了，最终是要用一代测序的方法去补gap，或者是加入三代测序的数据，重新拼接才有可能得到细菌基因组的全序列。不同的scaffold之间的关系，可以参考已经释放的细菌基因组序列，设计引物进行PCR扩增，之后进行一代测序，从而得到全基因组序列。
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6楼2015-06-18 09:14:41
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happy6

木虫 (著名写手)
你们老板是想省钱啊，让你做补gap的工作，这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装，那未免太简单了些啦，（当然，二代测序+三代测序数据，一起拼接的除外）哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简单了？办法两个：1、一代测序补洞；2、加入三代测序数据，升级成完成图。祝好运哦！
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7楼2015-06-18 09:19:36
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great07225388

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wangying0923: 金币+3 2015-07-15 08:26:48
看来你们老板确实是想省钱，拿做扫描图或者精细图的钱，想干完成图的事。想利用之前的reads来补洞，基本上是不可实现的，除非重新测序产生新的数据。楼上列举了几种补洞的方法，都是可行的，但是这些工作都得交给公司去做。楼主自己想补洞，难度太大了。精细图距离完成图，距离还是非常大的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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11楼2015-07-14 10:03:30
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tian150685

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的细菌基因组测序也是公司给了几个scaffold，中间有3个gap需要补，由于gap的大小较小，我是采用PCR拼接的，但是遇到了问题，拼接出来以后的片段大小和我需要补得gap大小不对，正在送去测序，你的gap问题解决了吗？
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18楼2015-11-09 15:44:03
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fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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wangying0923: 金币+5, ★有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
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2楼2015-06-17 10:20:38
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉
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3楼2015-06-17 10:54:08
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fenghan06

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉...

可以尝试， 不过就算你的reads有能够利用的，还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序？
你做的是de novo组合？ 没有reference可以map吗？
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4楼2015-06-17 11:23:29
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 11:23:29
可以尝试， 不过就算你的reads有能够利用的，还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序？
你做的是de novo组合？ 没有reference可以map吗？...

不是用自己的电脑，我做的那个细菌基因组序列NCBI已经释放了，可以借助参考，请问你有这方面的经验吗
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5楼2015-06-17 14:51:10
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fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wangying0923: 金币+5 2015-06-19 09:01:10
你们那些contig是测序公司帮你拼的？ 如果那样子的话就没自己继续拼接的理由了。 你可以使用已有的基因组拼图看大致上还有多大的空缺， 如果小的话可以使用PCR拼接， 大的话， 就再做一轮测序吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2015-06-18 11:16:01
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by happy6 at 2015-06-18 09:19:36
你们老板是想省钱啊，让你做补gap的工作，这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装，那未免太简单了些啦，（当然，二代测序+三代测序数据，一起拼接的除外）哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简 ...

谢谢啊，嗯，很有难度的感觉，我自己肯定搞不定，到时直接跟老板说吧
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9楼2015-06-19 08:58:46
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-18 11:16:01
你们那些contig是测序公司帮你拼的？ 如果那样子的话就没自己继续拼接的理由了。 你可以使用已有的基因组拼图看大致上还有多大的空缺， 如果小的话可以使用PCR拼接， 大的话， 就再做一轮测序吧。
...

是公司拼接的，现在连个圈形都没看到，就十几个scaffold，scaffold之间顺序都不知道，老板还让我搞定，太高看我了吧，公司都搞不定，唉。。。
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10楼2015-06-19 09:05:07
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