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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析
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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold，这些scaffold该怎么分析，能用什么软件将它们拼起来吗，还是有gap不能拼接，因为我想获得它的全基因序列，这个scaffold这么多，是不是要补gap，要是补的话该怎么补，问题有点多，在这方面是新手，求解求解！
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1楼 2015-06-15 09:58:51
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happy6

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+3, ★有帮助 2015-06-19 08:56:49
测序公司给你的是拼接好的序列，scaffold中间是有gap的，如果可以拼接成完整的序列，测序公司就可以拼接了，最终是要用一代测序的方法去补gap，或者是加入三代测序的数据，重新拼接才有可能得到细菌基因组的全序列。不同的scaffold之间的关系，可以参考已经释放的细菌基因组序列，设计引物进行PCR扩增，之后进行一代测序，从而得到全基因组序列。
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6楼2015-06-18 09:14:41
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fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, ★有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
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2楼2015-06-17 10:20:38
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wangying0923

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上， 还不行， 就只能靠walking了. 有reference genome吗，那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉
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3楼2015-06-17 10:54:08
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fenghan06

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议，老板的意思让我利用reads自己再拼接，说肯定有还没利用上的reads，再补gap，觉得难度有毫大，又不会，reads太多，都不知道该怎么办了，唉...

可以尝试， 不过就算你的reads有能够利用的，还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序？
你做的是de novo组合？ 没有reference可以map吗？
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4楼2015-06-17 11:23:29
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