| 查看: 2727 | 回复: 5 | ||
[求助]
Scaffold条数 大小 全基因组测序 已有2人参与
|
|
全基因组测序的结果出来了（细菌，精细图），有太多问题了，先问一个我最捉急的问题 最后scaffold条数是1条，但是scaffold的长度和预测的基因组的大小（用K-mer统计）差了1M多，那是不是说明我的基因组有1M多是没有序列的啊？  |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有152人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 细菌全基因组测序中不同的scaffold如何处理
已经有9人回复
- 病毒全基因组测序问题。。求大牛~~~
已经有14人回复
- 大家对微生物测过全基因组嘛？进来讨论一下吧~
已经有11人回复
- ***！！！细菌全基因组测序 亟待解决的困惑！！！***
已经有7人回复
- 求助大牛，全基因组测序问题
已经有8人回复
- 基因组测序结果问题
已经有7人回复
- 有没有用illuminia的solexa测细菌全基因组的?求解怎么将草图拼接成基因组完成图？
已经有4人回复
- 有没有人做过细菌全基因组测序DNA提取的？
已经有5人回复
- 细菌全基因组测序
已经有5人回复
- 基因组测序与数学的关系
已经有6人回复
- 如何知道一种真菌的全基因组已经测序完成？
已经有3人回复
- 【资料】番茄基因组完成测序（附Nature全文）
已经有73人回复
- 尖孢镰刀菌基因组有多大？全基因组测序的费用大概多少？
已经有4人回复
- 一个二倍体植物的全基因组测序程序及花费？
已经有18人回复
- 一个关于全基因组测序的问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】基因组中的scaffold是甚么意思？
已经有7人回复
| 顶 |
2楼2015-01-05 14:02:10
nanhu1984
银虫 (正式写手)
- 应助: 33 (小学生)
- 金币: 2251.2
- 散金: 13
- 红花: 13
- 帖子: 701
- 在线: 245.4小时
- 虫号: 2531775
- 注册: 2013-07-04
- 专业: 病原细菌、细菌感染与宿主
3楼2015-01-05 19:45:22
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shellyxss: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
感谢参与，应助指数 +1
shellyxss: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
|
Scaffold数目少了好 一条就说明有一个完整的 我不太立即你说的精细图 是算个组好的DRAFT GENOME还是实实在在的COMPLETE GENOME 你看下你Scaffold里面有没有空位或者插入N 如果有那就是还没填完，真实基因组其实会比这个大（但是真实尚不知） 如果你的scaffold就是真实值 那小了也正常 因为你的contigs里其实有重复 在scaffolding的过程中会删掉 所以一般来说scaffolding后的结果会比你“原以为的”要小 实在不确定跟相关亚种进行比较 差个0.几M的都很正常 |
4楼2015-01-06 01:22:51
5楼2015-01-06 08:58:50
6楼2015-01-06 09:10:39
