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Scaffold条数 大小 全基因组测序 已有2人参与
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全基因组测序的结果出来了（细菌，精细图），有太多问题了，先问一个我最捉急的问题 最后scaffold条数是1条，但是scaffold的长度和预测的基因组的大小（用K-mer统计）差了1M多，那是不是说明我的基因组有1M多是没有序列的啊？  |
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nanhu1984
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3楼2015-01-05 19:45:22
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shellyxss: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
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shellyxss: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
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Scaffold数目少了好 一条就说明有一个完整的 我不太立即你说的精细图 是算个组好的DRAFT GENOME还是实实在在的COMPLETE GENOME 你看下你Scaffold里面有没有空位或者插入N 如果有那就是还没填完，真实基因组其实会比这个大（但是真实尚不知） 如果你的scaffold就是真实值 那小了也正常 因为你的contigs里其实有重复 在scaffolding的过程中会删掉 所以一般来说scaffolding后的结果会比你“原以为的”要小 实在不确定跟相关亚种进行比较 差个0.几M的都很正常 |
4楼2015-01-06 01:22:51
5楼2015-01-06 08:58:50
6楼2015-01-06 09:10:39