24小时热门版块排行榜    

查看: 3405  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold,这些scaffold该怎么分析,能用什么软件将它们拼起来吗,还是有gap不能拼接,因为我想获得它的全基因序列,这个scaffold这么多,是不是要补gap,要是补的话该怎么补,问题有点多,在这方面是新手,求解求解!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happy6

木虫 (著名写手)

你们老板是想省钱啊,让你做补gap的工作,这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装,那未免太简单了些啦,(当然,二代测序+三代测序数据,一起拼接的除外)哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简单了?办法两个:1、一代测序补洞;2、加入三代测序数据,升级成完成图。祝好运哦!
7楼2015-06-18 09:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, 有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
2楼2015-06-17 10:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉
3楼2015-06-17 10:54:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fenghan06

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉...

可以尝试, 不过就算你的reads有能够利用的,还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序?
你做的是de novo组合? 没有reference可以map吗?
4楼2015-06-17 11:23:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见