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wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold,这些scaffold该怎么分析,能用什么软件将它们拼起来吗,还是有gap不能拼接,因为我想获得它的全基因序列,这个scaffold这么多,是不是要补gap,要是补的话该怎么补,问题有点多,在这方面是新手,求解求解!
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happy6

木虫 (著名写手)

你们老板是想省钱啊,让你做补gap的工作,这个工作还是很耗人力的。如果说单纯用测序的read再去组装,那未免太简单了些啦,(当然,二代测序+三代测序数据,一起拼接的除外)哈哈。那样做细菌基因组完成图岂不是很简单了?办法两个:1、一代测序补洞;2、加入三代测序数据,升级成完成图。祝好运哦!
7楼2015-06-18 09:19:36
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fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, 有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
2楼2015-06-17 10:20:38
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wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉
3楼2015-06-17 10:54:08
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fenghan06

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉...

可以尝试, 不过就算你的reads有能够利用的,还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序?
你做的是de novo组合? 没有reference可以map吗?
4楼2015-06-17 11:23:29
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