24小时热门版块排行榜    

查看: 3383  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)

[求助] 细菌基因组测序产生的scaffold怎么分析 已有4人参与

在公司测序回来的细菌基因组数据有19个scaffold,这些scaffold该怎么分析,能用什么软件将它们拼起来吗,还是有gap不能拼接,因为我想获得它的全基因序列,这个scaffold这么多,是不是要补gap,要是补的话该怎么补,问题有点多,在这方面是新手,求解求解!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 11:23:29
可以尝试, 不过就算你的reads有能够利用的,还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序?
你做的是de novo组合? 没有reference可以map吗?...

不是用自己的电脑,我做的那个细菌基因组序列NCBI已经释放了,可以借助参考,请问你有这方面的经验吗
5楼2015-06-17 14:51:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

fenghan06

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangying0923: 金币+5, 有帮助 2015-06-17 10:49:26
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.
2楼2015-06-17 10:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangying0923

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fenghan06 at 2015-06-17 10:20:38
你可以再做一轮illumina看能不能合上, 还不行, 就只能靠walking了. 有reference genome吗,那样子做PCR walking就不需要使用inverse PCR.

谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉
3楼2015-06-17 10:54:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fenghan06

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangying0923 at 2015-06-17 10:54:08
谢谢建议,老板的意思让我利用reads自己再拼接,说肯定有还没利用上的reads,再补gap,觉得难度有毫大,又不会,reads太多,都不知道该怎么办了,唉...

可以尝试, 不过就算你的reads有能够利用的,还得看运算难度了。 你用自己电脑跑的程序?
你做的是de novo组合? 没有reference可以map吗?
4楼2015-06-17 11:23:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] FileCode能看出啥? +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +10 Tide man 2026-08-11 10/500 2026-08-12 20:59 by 陈晨晨陈啊
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
信息提示
请填处理意见