| 查看: 1555 | 回复: 7 | |||
[交流]
PCR测序后产生的SNP是否是基因的真实存在的SNP？ 已有2人参与
|
|
各位大神好 背景： 1. 正在扩增一个基因，有文献显示该基因在其他物种中为单一拷贝。 2. 正在研究的这个物种相关研究背景不多，材料的倍型目前不容易确定（但是可以确定所有材料）。 问题： 目前该基因的cDNA序列已经通过RACE拿到，基因组序列也通过根据cDNA序列设计的引物分别拿到全长并完成了拼接，并且在两端做了步移，也都得到了结果（在基因组序列拼接和步移的时候都有较长的overlap）。 但是根据结果来看cDNA序列与基因组序列之间SNP较多，基因组每次扩增结果建克隆测序克隆之间的SNP也比较多（约0.5~2%），使用的酶是takara的LA taq，目前由于无法确定这些SNP中哪些是PCR出的错误，哪些是测序的错误（峰图都还可以），哪些是真正的SNP。 5端步移结果显示出有两套不同的上游调控序列，但是都跟RACE结果不同（RACE结果只到ATG上游大概70bp左右，已经去掉RACE随机引物序列）。 所以请问，如何确定这些SNP是不是基因不同拷贝造成的？如何知道拷贝数并且知道相关基因序列呢？ 希望有经验的大虾不吝赐教。谢谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有284人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有15人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- tagSNP到底怎么代表一个基因上的所有SNP的，求指教。。
已经有4人回复
- 载体构建，测序结果显示目的基因全突变，克隆入T载体，菌液PCR全是假阳性
已经有11人回复
- 一个基因做TA克隆后送去测序，不同的单克隆后来结果不一致，1500bp里有的11个碱基不同
已经有9人回复
- 请问下纯合子，杂合子和SNP的概念
已经有4人回复
- 测序结果与NCBI有差别，求解释！
已经有7人回复
- 对SNP和Toxicogenomics关系的理解有些疑惑，希望交流一下
已经有4人回复
- 公司返回DNA双向测序结果要怎么分析
已经有7人回复
- 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置
已经有5人回复
- pcr测序结果分析
已经有15人回复
- 测序结果出现单碱基的重叠峰
已经有6人回复
- SNP和genotype之间到底是什么关系
已经有9人回复
- 关于SNP测定中位点的概念，新手问题
已经有3人回复
- 克隆基因，挑克隆拿去测序，好多点突怎么办！？
已经有21人回复
- SNP与点突变有何区别？求高人指导
已经有8人回复
- 构建载体，目的基因容易发生SNP，但是699bp有10个之多，是不是有问题，太多了吧？
已经有22人回复
- 帮忙看一下一个有关SNP的测序结果图！
已经有4人回复
- 求助 高通量测序
已经有3人回复
- 基因组上snp位点分布的随机性如何检验？
已经有3人回复
- 【求助/交流】引物特异性PCR（SSP-PCR）检测SNP，是不是容易出现杂带呀
已经有11人回复
- 【求助】关于SNP位点
已经有5人回复
- 【求助/交流】测序出现重叠峰是怎么回事？
已经有14人回复
2楼2015-05-25 14:19:31
luwei13566
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 3
- 应助: 184 (高中生)
- 金币: 4351.4
- 散金: 97
- 红花: 35
- 帖子: 641
- 在线: 261.1小时
- 虫号: 2380655
- 注册: 2013-03-27
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-05-28 08:31:27
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-05-28 08:31:27
|
LZ你现在目的基因的cDNA和DNA全长序列都已经得到测序了，而且你无论是扩cDNA还是DNA所用的酶都是LA Taq？ 尽管其他文献里说该基因在其他物种是单拷贝，但是你还是得证明该基因是否是多拷贝，排除这个因素后基本可以定性是PCR的问题了。 1.多拷贝可用northern blot验证。 2.你用的这个酶我用过，说实话保真度并不高，如果你克隆的基因还比较长，而且扩增循环数过多的话可能性更大。 如果你的SNP在序列中间比较多，个人认为是PCR保真度不高所导致的，特别是你说克隆之间的测序结果都不一样，这说明你的PCR后期的循环已经出现了不少的突变，才导致后期涂板长出的单克隆测序结果都不一样，建议优化一下PCR的条件，或者选取高保真酶扩增之后再加A做TA克隆。 |
3楼2015-05-26 22:12:27
4楼2015-05-27 12:47:39
5楼2015-05-28 07:43:33
6楼2015-05-28 07:44:42
7楼2015-05-28 10:27:30
luwei13566
木虫 (正式写手)
- MolEPI: 3
- 应助: 184 (高中生)
- 金币: 4351.4
- 散金: 97
- 红花: 35
- 帖子: 641
- 在线: 261.1小时
- 虫号: 2380655
- 注册: 2013-03-27
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
8楼2015-05-28 11:42:11
