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solar2005

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置 已有3人参与

大家好,我最近在华大测了一个细菌菌株的全基因组序列,还有全基因组重测序它的一个突变株,想找出具体突变位置,全基因组序列及重测序的序列经过NCBI blast能找出一些单碱基的突变,但由于序列太长,肉眼很难从比对的序列中找到突变的具体位置,请问有什么软件可以很快看出哪个位置发生变化了吗,课题很紧张,没什么进展,有哪位学生物信息学的能帮帮忙,谢谢,感激不尽了。
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ashurax

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上,然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多,如BWA,Bowtie。SNP calling也有很多,samtools,soapsnp。。。
2楼2013-10-24 17:03:44
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xuyisit

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图?谢谢!因为我最近也想做,这几种的收费价格差别较大,所以想问一下。
3楼2013-11-10 17:26:45
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solar2005

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ashurax at 2013-10-24 17:03:44
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上,然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多,如BWA,Bowtie。SNP calling也有很多,samtools,soapsnp。。。

谢谢
4楼2014-02-16 21:51:06
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solar2005

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xuyisit at 2013-11-10 17:26:45
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图?谢谢!因为我最近也想做,这几种的收费价格差别较大,所以想问一下。

我做的是精细图,因为是华大帮忙组装,注释,比较贵。现在一般都是公司测序,自己组装,才几千块一个样品
5楼2014-02-16 21:53:30
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风筝如意

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by solar2005 at 2014-02-16 21:53:30
我做的是精细图,因为是华大帮忙组装,注释,比较贵。现在一般都是公司测序,自己组装,才几千块一个样品...

你好,你说的公司测序,自己组装,你是用什么软件组装的啊?我回来的是一个草图,搞了半天不知道怎么做成一个完整图
6楼2014-07-19 19:31:45
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