24小时热门版块排行榜    

查看: 1771  |  回复: 5

solar2005

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置 已有3人参与

大家好,我最近在华大测了一个细菌菌株的全基因组序列,还有全基因组重测序它的一个突变株,想找出具体突变位置,全基因组序列及重测序的序列经过NCBI blast能找出一些单碱基的突变,但由于序列太长,肉眼很难从比对的序列中找到突变的具体位置,请问有什么软件可以很快看出哪个位置发生变化了吗,课题很紧张,没什么进展,有哪位学生物信息学的能帮帮忙,谢谢,感激不尽了。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ashurax

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上,然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多,如BWA,Bowtie。SNP calling也有很多,samtools,soapsnp。。。
2楼2013-10-24 17:03:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuyisit

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图?谢谢!因为我最近也想做,这几种的收费价格差别较大,所以想问一下。
3楼2013-11-10 17:26:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solar2005

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ashurax at 2013-10-24 17:03:44
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上,然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多,如BWA,Bowtie。SNP calling也有很多,samtools,soapsnp。。。

谢谢
4楼2014-02-16 21:51:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solar2005

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xuyisit at 2013-11-10 17:26:45
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图?谢谢!因为我最近也想做,这几种的收费价格差别较大,所以想问一下。

我做的是精细图,因为是华大帮忙组装,注释,比较贵。现在一般都是公司测序,自己组装,才几千块一个样品
5楼2014-02-16 21:53:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风筝如意

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by solar2005 at 2014-02-16 21:53:30
我做的是精细图,因为是华大帮忙组装,注释,比较贵。现在一般都是公司测序,自己组装,才几千块一个样品...

你好,你说的公司测序,自己组装,你是用什么软件组装的啊?我回来的是一个草图,搞了半天不知道怎么做成一个完整图
6楼2014-07-19 19:31:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 solar2005 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程321分求调剂 +6 大米饭! 2026-03-15 6/300 2026-03-16 07:58 by wang_dand
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 化学工程321分求调剂(南京工业,浙江工业) +3 大米饭! 2026-03-09 4/200 2026-03-14 02:34 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 0703求调剂 +7 jtyq001 2026-03-10 7/350 2026-03-14 01:06 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 一志愿西南交大,材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 285化工学硕求调剂(081700) +6 柴郡猫_ 2026-03-12 6/300 2026-03-13 20:46 by hmn_wj
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 哈工大材料324求调剂 +6 闫旭东 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:49 by 星空星月
[考研] 298求调剂 +3 Vv呀! 2026-03-10 3/150 2026-03-10 22:40 by 剑诗杜康
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
信息提示
请填处理意见