应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 1786  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

solar2005

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置 已有3人参与

大家好，我最近在华大测了一个细菌菌株的全基因组序列，还有全基因组重测序它的一个突变株，想找出具体突变位置，全基因组序列及重测序的序列经过NCBI blast能找出一些单碱基的突变，但由于序列太长，肉眼很难从比对的序列中找到突变的具体位置，请问有什么软件可以很快看出哪个位置发生变化了吗，课题很紧张，没什么进展，有哪位学生物信息学的能帮帮忙，谢谢，感激不尽了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我喜欢的资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-24 14:59:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ashurax

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上，然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多，如BWA，Bowtie。SNP calling也有很多，samtools，soapsnp。。。
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-24 17:03:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuyisit

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图？谢谢！因为我最近也想做，这几种的收费价格差别较大，所以想问一下。
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-10 17:26:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solar2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ashurax at 2013-10-24 17:03:44
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上，然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多，如BWA，Bowtie。SNP calling也有很多，samtools，soapsnp。。。

谢谢
回复此楼
4楼2014-02-16 21:51:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

solar2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuyisit at 2013-11-10 17:26:45
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图？谢谢！因为我最近也想做，这几种的收费价格差别较大，所以想问一下。

我做的是精细图，因为是华大帮忙组装，注释，比较贵。现在一般都是公司测序，自己组装，才几千块一个样品
赞一下 回复此楼
5楼2014-02-16 21:53:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风筝如意

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by solar2005 at 2014-02-16 21:53:30
我做的是精细图，因为是华大帮忙组装，注释，比较贵。现在一般都是公司测序，自己组装，才几千块一个样品...

你好，你说的公司测序，自己组装，你是用什么软件组装的啊？我回来的是一个草图，搞了半天不知道怎么做成一个完整图
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-19 19:31:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 solar2005 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +3 不逢春 2026-04-05 3/150 2026-04-05 17:13 by barlinike
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 265求调剂 +20 梁梁校校 2026-04-01 21/1050 2026-04-04 00:38 by userper
[考研] 283分材料与化工求调剂 +29 罗KAKA 2026-04-02 29/1450 2026-04-03 23:56 by userper
[考研] 求调剂 +4 压力??大 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:36 by 啵啵啵0119
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 机械专硕297 +3 Afksy 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:24 by 1753564080
[考研] 建环，能源，土木老师路过看一看！！！ +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 一志愿山东大学化学与化工学院材料与化工专硕，360分求调剂 +4 不愿透露姓名的� 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:29 by 遗忘消失的灆
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 调剂 +3 osbbx 2026-04-02 3/150 2026-04-03 07:47 by cc8418
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 0805求调剂 +8 是水分 2026-03-31 8/400 2026-04-02 10:46 by guanxin1001
[考研] 372求调剂 +3 jj涌77 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:57 by olim
[考研] 08工科275求调剂，可跨考。 +5 AaAa7420 2026-03-31 5/250 2026-04-01 15:21 by 159357hjz
[考研] 一志愿大连理工大学，机械工程学硕，341 +3 西瓜田的守望者 2026-03-30 3/150 2026-03-31 11:08 by asdfzly
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭