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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置
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solar2005

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎样从基因组测序及重测训序列比对找出突变位置 已有3人参与

大家好，我最近在华大测了一个细菌菌株的全基因组序列，还有全基因组重测序它的一个突变株，想找出具体突变位置，全基因组序列及重测序的序列经过NCBI blast能找出一些单碱基的突变，但由于序列太长，肉眼很难从比对的序列中找到突变的具体位置，请问有什么软件可以很快看出哪个位置发生变化了吗，课题很紧张，没什么进展，有哪位学生物信息学的能帮帮忙，谢谢，感激不尽了。
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1楼 2013-10-24 14:59:04
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solar2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuyisit at 2013-11-10 17:26:45
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图？谢谢！因为我最近也想做，这几种的收费价格差别较大，所以想问一下。

我做的是精细图，因为是华大帮忙组装，注释，比较贵。现在一般都是公司测序，自己组装，才几千块一个样品
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5楼2014-02-16 21:53:30
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ashurax

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上，然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多，如BWA，Bowtie。SNP calling也有很多，samtools，soapsnp。。。
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2楼2013-10-24 17:03:44
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xuyisit

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你在华大测定的基因组是序列是框架图、精细图还是完成图？谢谢！因为我最近也想做，这几种的收费价格差别较大，所以想问一下。
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3楼2013-11-10 17:26:45
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solar2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ashurax at 2013-10-24 17:03:44
将重测序的read用比对软件比对到全基因组上，然后用SNP calling软件做变异检测
短序列比对软件很多，如BWA，Bowtie。SNP calling也有很多，samtools，soapsnp。。。

谢谢
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4楼2014-02-16 21:51:06
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