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feiye2214

木虫 (正式写手)

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[交流] 对SNP和Toxicogenomics关系的理解有些疑惑，希望交流一下

据我最近看文献，SNP是基因组水平的单核苷酸多态性，而常见的Toxicogenomics实验是对毒性应答基因的转录水平进行分析的，而关于SNP和toxicogenomics的关系是：基因组上SNP的差异会与某些抗病、抗毒能力相关，大多数研究都是单向研究，从不同测试群体（例如抗A病，易感A病两个群体）SNP的差异寻找特定SNP跟表现性状（抗病或者易感病）的关系。
我的疑问是：SNP能否由于外在压力而产生变化？譬如对靶生物群体施毒，然后能否在基因组水平上找到SNP差异（与空白对照组：不施毒群体，的差异）呢？就是说，环境的压力会不会在短期内造成基因组水平的变化，这里说的是SNP的变化。
看了很多文献初步得到的答案是SNP源于进化，群体间的差异不是短期内形成的，所以我一直找不到证实我上面疑问的文献。不知道我想得对不对，希望大家给我点意见，支持我的看法还是能从新的角度回答我的疑问。谢谢大家。

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1楼 2014-01-22 23:51:59

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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

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kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-01-23 12:29:01

经典的MutMAP方法。

我想，如果“环境的压力”是人工选择的话，的确能加速群体间SNP差异的形成。“SNP源于进化，群体间的差异不是短期内形成的”或许是站在“漫长的自然选择”的角度上看待问题的。进化的本质就是“突变与遗传”，而人工诱变极大地提高突变频率，人工筛选完全就是走“遗传”捷径。

“外在压力”（如诱变）肯定引起个体SNP差异，但在群体上是随机的，要形成群体间的SNP差异，必须经历一个“适者生存”的过程（PS：育种的扩繁，或许与这有同功之妙）。这个过程有多长，是“仁者见仁智者见智”的问题。比如，在农作物育种上，经历几个世代，或许就能获得一个数量可观的SNP差异群体。

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2楼2014-01-23 01:17:57

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feiye2214

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引用回帖:

2楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2014-01-23 01:17:57
经典的MutMAP方法。

我想，如果“环境的压力”是人工选择的话，的确能加速群体间SNP差异的形成。“SNP源于进化，群体间的差异不是短期内形成的”或许是站在“漫长的自然选择”的角度上看待问题的。进化的本质就是 ...

如您所说，“外在压力”会引起个体SNP的差异，必须经历“适者生存”的过程才能在群体水平上积累SNP差异，这样说来我的实验设计思路可能太过简单了：在人工养殖环境中，对一海洋生物群体（N>20）施加一种毒物，期望在四周后（这在一般的毒性实验中算chronic检测，慢性毒性）检测该群体与对照群体（常规养殖无施毒）的SNP差异，这里将SNP作为一种DNA水平上的biomarker。“四周”的实验，提供给DNA突变的时间也许太少了，所以几乎没有相关的研究（施毒后即检测DNA水平差异，SNP的差异）被搜索到。
对于毒性应答，mRNA水平和蛋白质水平的变化是毋庸置疑的，所以可能我要立足于这两点设计毒理实验了。但是内心里确实想在实验中检测一下原先的设计思路，个体SNP的突变也代表着群体的进化方向吧？呵呵，真的要放弃这个方向？

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3楼2014-01-23 17:00:05

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Lau_Kimura

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feiye2214: 金币+10, 真是一语惊醒梦中人啊！感谢您的提醒，不然这个idea提出来会被人笑话的。我还是着手传统的biomarker实验设计吧，呵呵，gene表达量的差异是很容易检测的，回归正统实验思路！非常感谢您！ 2014-01-26 16:45:50

引用回帖:

3楼: Originally posted by feiye2214 at 2014-01-23 17:00:05
如您所说，“外在压力”会引起个体SNP的差异，必须经历“适者生存”的过程才能在群体水平上积累SNP差异，这样说来我的实验设计思路可能太过简单了：在人工养殖环境中，对一海洋生物群体（N>20）施加一种毒物，期 ...

“施毒后即检测DNA水平差异，SNP的差异”？如果是全基因组的高通量SNP数据，我真的很怀疑实验的可行性——有那么多的课题经费吗？如果，只是某些基因的SNP，那群体数量是“九牛一毛”。我不清楚您是怎么考虑突变频率的，自然基因突变频率是“10的负14次方”啊！这就很惊奇您的毒物的“诱变率”有多高，百分之几，还是万分之几？——天啊！您知道不，我们为了筛选五个特定的SNP位点，准备了足足八千斤水稻种子以备EMS化学诱变！

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4楼2014-01-24 23:39:35

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sjmr12215楼

2014-01-25 08:42 回复