| 查看: 857 | 回复: 4 | ||||
[交流]
对SNP和Toxicogenomics关系的理解有些疑惑，希望交流一下
|
||||
|
据我最近看文献，SNP是基因组水平的单核苷酸多态性，而常见的Toxicogenomics实验是对毒性应答基因的转录水平进行分析的，而关于SNP和toxicogenomics的关系是：基因组上SNP的差异会与某些抗病、抗毒能力相关，大多数研究都是单向研究，从不同测试群体（例如抗A病，易感A病两个群体）SNP的差异寻找特定SNP跟表现性状（抗病或者易感病）的关系。 我的疑问是：SNP能否由于外在压力而产生变化？譬如对靶生物群体施毒，然后能否在基因组水平上找到SNP差异（与空白对照组：不施毒群体，的差异）呢？就是说，环境的压力会不会在短期内造成基因组水平的变化，这里说的是SNP的变化。 看了很多文献初步得到的答案是SNP源于进化，群体间的差异不是短期内形成的，所以我一直找不到证实我上面疑问的文献。不知道我想得对不对，希望大家给我点意见，支持我的看法还是能从新的角度回答我的疑问。谢谢大家。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Scholar Collections |
» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有60人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SNP和genotype之间到底是什么关系
已经有9人回复
- 帮忙看一下一个有关SNP的测序结果图！
已经有4人回复
- 【求助/交流】引物特异性PCR（SSP-PCR）检测SNP，是不是容易出现杂带呀
已经有11人回复
- 想发个SNP 标记开发新技术类的小文章，有什么刊物推荐一下。
已经有3人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
愿遇见你，遇见不止擦肩而过的缘分
+1/82
-
华南师范大学（211）博士招生- 电子、自动化、机械、生物学、物理相关专业
+2/42
-
西北工业大学光子学研究团队诚聘博士后！
+2/42
-
关于碳量子点抗菌的研究
+1/35
-
找工作经验求助
+1/35
-
上海交通大学电催化方向博后招聘-有锂电、高分子、燃料电池背景者优先
+1/34
-
中科院生态环境研究中心国重实验室招聘客座研究生1-2名
+1/31
-
【预硕】【预博】青岛大学生物医药创新转化
+1/19
-
医学327分专硕调剂
+1/16
-
南京林业大学-国家级青年人才团队 招2026级申请考核制博士（合成化学、植物化学方向）
+1/15
-
【2026博士招生/博后招聘】北京航空航天大学潘彪课题组——AI芯片设计方向
+1/12
-
南京医科大学-膜蛋白结构与功能课题组-招收2026级博士研究生
+1/12
-
2026年上海大学王亮课题组招收电催化或光催化研究背景的博士生
+2/8
-
哈尔滨理工大学材料与化学工程学院 纳米功能材料与光电催化团队 招收硕士研究生
+1/7
-
论文投出，祈福，求好运
+1/7
-
26年申博自荐-计算机视觉
+1/6
-
南方科技大学生命科学学院基础免疫与微生物学系招收博士后
+1/5
-
深圳大学蔡兴科课题组博士后及研究助理招聘
+1/3
-
085404 270求调剂，b区求导师收留接受跨专业
+1/1
-
中国科学院地球化学研究所招科研助理
+1/1
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-01-23 12:29:01
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-01-23 12:29:01
|
经典的MutMAP方法。 我想，如果“环境的压力”是人工选择的话，的确能加速群体间SNP差异的形成。“SNP源于进化，群体间的差异不是短期内形成的”或许是站在“漫长的自然选择”的角度上看待问题的。进化的本质就是“突变与遗传”，而人工诱变极大地提高突变频率，人工筛选完全就是走“遗传”捷径。 “外在压力”（如诱变）肯定引起个体SNP差异，但在群体上是随机的，要形成群体间的SNP差异，必须经历一个“适者生存”的过程（PS：育种的扩繁，或许与这有同功之妙）。这个过程有多长，是“仁者见仁智者见智”的问题。比如，在农作物育种上，经历几个世代，或许就能获得一个数量可观的SNP差异群体。 |
2楼2014-01-23 01:17:57
|
如您所说，“外在压力”会引起个体SNP的差异，必须经历“适者生存”的过程才能在群体水平上积累SNP差异，这样说来我的实验设计思路可能太过简单了：在人工养殖环境中，对一海洋生物群体（N>20）施加一种毒物，期望在四周后（这在一般的毒性实验中算chronic检测，慢性毒性）检测该群体与对照群体（常规养殖无施毒）的SNP差异，这里将SNP作为一种DNA水平上的biomarker。“四周”的实验，提供给DNA突变的时间也许太少了，所以几乎没有相关的研究（施毒后即检测DNA水平差异，SNP的差异）被搜索到。 对于毒性应答，mRNA水平和蛋白质水平的变化是毋庸置疑的，所以可能我要立足于这两点设计毒理实验了。但是内心里确实想在实验中检测一下原先的设计思路，个体SNP的突变也代表着群体的进化方向吧？呵呵，真的要放弃这个方向？ |
3楼2014-01-23 17:00:05
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
feiye2214: 金币+10, 真是一语惊醒梦中人啊！感谢您的提醒，不然这个idea提出来会被人笑话的。我还是着手传统的biomarker实验设计吧，呵呵，gene表达量的差异是很容易检测的，回归正统实验思路！非常感谢您！ 2014-01-26 16:45:50
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
feiye2214: 金币+10, 真是一语惊醒梦中人啊！感谢您的提醒，不然这个idea提出来会被人笑话的。我还是着手传统的biomarker实验设计吧，呵呵，gene表达量的差异是很容易检测的，回归正统实验思路！非常感谢您！ 2014-01-26 16:45:50
|
“施毒后即检测DNA水平差异，SNP的差异”？如果是全基因组的高通量SNP数据，我真的很怀疑实验的可行性——有那么多的课题经费吗？如果，只是某些基因的SNP，那群体数量是“九牛一毛”。我不清楚您是怎么考虑突变频率的，自然基因突变频率是“10的负14次方”啊！这就很惊奇您的毒物的“诱变率”有多高，百分之几，还是万分之几？——天啊！您知道不，我们为了筛选五个特定的SNP位点，准备了足足八千斤水稻种子以备EMS化学诱变！ |
4楼2014-01-24 23:39:35
简单回复
sjmr12215楼
2014-01-25 08:42
回复
