24小时热门版块排行榜    

查看: 3000  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

bayu18

新虫 (正式写手)

[求助] 如何比对出外显子和内含子 已有2人参与

各位大侠:
我做的这种植物基因组未知,我通过PCR获得了某个基因的cDNA序列和相应的DNA序列,请问用什么软件可以比对出哪部分是外显子和内含子。急,万分感谢。
PS:我用DNAman比对,只比出来了一段外显子,其他的都比对错位了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq,这个网站有两个方框,把DNA和cDNA分别放到两个框里,顺序不论,然后 ...

请见blast结果,如图
如何比对出外显子和内含子
blast.jpg

4楼2015-03-31 08:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
bayu18(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-30 20:48:27
bayu18: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-03-31 08:34:26
有DNA和cDNA做blast就行了,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=align2seq,这个网站有两个方框,把DNA和cDNA分别放到两个框里,顺序不论,然后点击blast应该就看到结果了。
2楼2015-03-30 20:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq,这个网站有两个方框,把DNA和cDNA分别放到两个框里,顺序不论,然后 ...

谢谢您的帮助,我用您的方法比对了一下,发现只比出来了100bp的外显子,和DNAman的结果一样的,其他部分都没有比上,难道剩余的都是内含子吗?可是cDNA还有很长部分没比上呢。
3楼2015-03-31 08:34:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了,http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq,这个网站有两个方框,把DNA和cDNA分别放到两个框里,顺序不论,然后 ...

blast结果
如何比对出外显子和内含子-1
blast.jpg

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : blast.jpg
  • 2015-03-31 08:37:51, 36.09 K
5楼2015-03-31 08:38:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +10 RichLi_ 2026-03-25 10/500 2026-03-26 02:17 by BruceLiu320
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +3 kongweilin 2026-03-26 3/150 2026-03-26 00:53 by 15723253818
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +8 Mr. Z 2026-03-25 8/400 2026-03-25 23:00 by peike
[考研] 299求调剂 +7 某某某某位 2026-03-21 8/400 2026-03-25 20:34 by 热情沙漠
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +3 小鱼爱有机 2026-03-25 3/150 2026-03-25 20:13 by qingfeng258
[考研] 机械学硕总分317求调剂!!!! +4 Acaciad 2026-03-25 4/200 2026-03-25 19:59 by hanserlol
[考研] 318求调剂 +3 plum李子 2026-03-23 3/150 2026-03-25 09:42 by 雾散后相遇lc
[考研] 化学调剂 +6 yzysaa 2026-03-21 6/300 2026-03-25 09:27 by aa331100
[考研] 材料292调剂 +8 橘颂思美人 2026-03-23 8/400 2026-03-24 16:33 by laoshidan
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +18 chaojifeixia 2026-03-19 20/1000 2026-03-24 10:34 by dolphin_ycj
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 化学308分求调剂 +3 你好明天你好 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:11 by macy2011
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 9/450 2026-03-23 12:57 by yqdszhdap-
[考研] 070300,一志愿北航320求调剂 +3 Jerry0216 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-20 7/350 2026-03-21 19:05 by 15709483992
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
信息提示
请填处理意见