24小时热门版块排行榜    

查看: 4791  |  回复: 8
【悬赏金币】回答本帖问题,作者小海豚1987将赠送您 1 个金币

小海豚1987

新虫 (初入文坛)

[求助] 急求:分析外显子和内含子的软件??已有4人参与

急求:分析外显子和内含子的软件??  我做的是无脊椎动物,基因组信息还没有完全上传NCBI,在网上看到一些网站都不能用,选择物种的下拉菜单里都没有我们做的物种。不知道应该怎么分析啊?求各位大虾帮忙!
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

生物信息学 代谢毒理细胞生物

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-26 23:55:56
小海豚1987: 金币+2, 有帮助 2014-04-30 22:30:44
可以用GeneScan ,http://genes.mit.edu/GENESCAN.html
2楼2014-04-26 22:27:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunflower019

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小海豚1987: 金币+2, 有帮助 2014-04-30 22:34:36
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-15 21:53:48
http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php
3楼2014-04-28 10:51:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oylb

禁言 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验! 2014-07-15 21:53:53
本帖内容被屏蔽

4楼2014-04-28 11:51:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小海豚1987

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-04-26 22:27:24
可以用GeneScan ,http://genes.mit.edu/GENESCAN.html

这个我之前尝试过了,但是里面没有无脊椎动物的信息
5楼2014-04-30 22:30:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-03 12:16:46
可能直接用实验方法更简单,分别用cDNA和基因组的DNA 做模板进行PCR,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子,如果需要小一些的片段,可以结合类似物种的同源基因的大致位点对于目的基因片段所在的DNA进行有限水解,电泳或者层析分离出最邻近目的基因的DNA片段,然后根据对应的目的基因片段的mRNA的序列(可以从 蛋白质产物序列反推)与含有该序列的DNA片段的序列比较即可知道内含子与外显子序列。
6楼2014-07-03 11:16:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

FGENESH在线分析工具可以做无脊椎动物的基因预测,有不少生物的基因组可供选择:
http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
不过在线版本有一定功能限制,而本地安装版是要收费的
7楼2014-10-20 15:34:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childchou

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

3楼正解,一直用的就是这个
boomshakalaka
8楼2014-10-20 20:58:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 11:16:03
可能直接用实验方法更简单,分别用cDNA和基因组的DNA 做模板进行PCR,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子,如果需要小一些的片段,可以结合类似物种的同源基因的大致位点对于目的基因片段所在的DNA进行有 ...

您好,请问我已经利用PCR的方法获得了cDNA和DNA序列,那么我用什么软件可以比对出内含子和外显子呢?不能用眼直接找吧,基因太长了。多谢。
9楼2015-03-30 16:39:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小海豚1987 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 青年基金会评专家到底是怎么会评的呀?主审专家是不是一般不会改动系统按函评给的顺序 5+4 他山攻玉之石 2024-06-18 18/900 2024-06-20 16:33 by 他山攻玉之石
[精细化工] 试剂价格 +5 旭必上岸 2024-06-17 8/400 2024-06-20 16:25 by 旭必上岸
[基金申请] 工材口青年基金大概什么样能上会? +9 今晚推荐22 2024-06-20 11/550 2024-06-20 16:17 by gy116024
[有机交流] 想要用氢化钠拔掉吲哚N上的氢取代酰氯 50+3 光敏剂 2024-06-19 3/150 2024-06-20 16:06 by 2461777831
[有机交流] 求助 10+4 脂质纳米粒 2024-06-20 5/250 2024-06-20 15:57 by 2461777831
[教师之家] 每次骚扰女学生的都是院系领导,而不是普通教师,小编们要注意措辞正确 +11 zju2000 2024-06-15 13/650 2024-06-20 15:19 by ase123456
[文学芳草园] 累并快乐着 +21 MYHLD521 2024-06-14 21/1050 2024-06-20 13:34 by 1429524838
[基金申请] 工材口青年基金上会可能性 +8 今晚推荐22 2024-06-19 10/500 2024-06-20 11:00 by 手心里的幸福
[考博] 2025年博士申请,可先做科研助理 +4 limit888 2024-06-18 7/350 2024-06-20 10:23 by 安塔瓦拉多
[基金申请] 江南大学到瑞士招聘,称取消非升即走,改预聘+长聘 +21 babu2015 2024-06-18 22/1100 2024-06-19 23:03 by feng6531
[论文投稿] Scientific Reports二审90天了,催稿也没反应怎么办? +3 智晨君 2024-06-18 6/300 2024-06-19 20:08 by licheng78
[访问学者] 国家公派访问学者申请结果出了吗? +4 65syn 2024-06-13 4/200 2024-06-19 16:40 by 海洋之心168
[基金申请] Nature 11日发文,中国著名学者们称造假迫不得已 +8 babu2015 2024-06-14 8/400 2024-06-19 15:25 by 风今25
[论文投稿] ACS AMI 返回审稿意见,一个大修,两个据稿,编辑给的修改重投 +5 智商已更新 2024-06-19 5/250 2024-06-19 12:35 by nono2009
[公派出国] 去英国的小伙伴儿都在哪儿租的房子呀? +7 65syn 2024-06-14 11/550 2024-06-19 10:19 by 65syn
[公派出国] CSC德国博后每个月资助多少呀?够用吗 +4 326lhpqk 2024-06-16 7/350 2024-06-19 02:03 by PLHOU
[论文投稿] 投稿求助 10+3 2022_灵魂工程师 2024-06-16 8/400 2024-06-18 12:12 by 投必得科研顾问
[基金申请] 博士后创新人才支持计划公示 +9 aishida144 2024-06-14 15/750 2024-06-16 09:52 by msjy
[论文投稿] 投稿被一个审稿人恶意评审了怎么样? +5 1chen 2024-06-14 7/350 2024-06-15 23:15 by xy66xy
[基金申请] 关于博后基金的bug问题 +6 lxr1991 2024-06-14 9/450 2024-06-15 21:17 by since—2010
信息提示
请填处理意见