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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 急求：分析外显子和内含子的软件??
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小海豚1987

新虫 (初入文坛)

[求助] 急求：分析外显子和内含子的软件?? 已有4人参与

急求：分析外显子和内含子的软件??  我做的是无脊椎动物，基因组信息还没有完全上传NCBI，在网上看到一些网站都不能用，选择物种的下拉菜单里都没有我们做的物种。不知道应该怎么分析啊？求各位大虾帮忙！
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1楼 2014-04-26 15:02:38
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-04-26 23:55:56
小海豚1987: 金币+2, ★有帮助 2014-04-30 22:30:44
可以用GeneScan ，http://genes.mit.edu/GENESCAN.html
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2楼2014-04-26 22:27:24
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sunflower019

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小海豚1987: 金币+2, ★有帮助 2014-04-30 22:34:36
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-15 21:53:48
http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php
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3楼2014-04-28 10:51:05
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oylb

禁言 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验！ 2014-07-15 21:53:53
本帖内容被屏蔽
4楼2014-04-28 11:51:27
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小海豚1987

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-04-26 22:27:24
可以用GeneScan ，http://genes.mit.edu/GENESCAN.html

这个我之前尝试过了，但是里面没有无脊椎动物的信息
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5楼2014-04-30 22:30:24
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-03 12:16:46
可能直接用实验方法更简单，分别用cDNA和基因组的DNA 做模板进行PCR，之后送去测序，cDNA 不包含的序列不就是内含子，如果需要小一些的片段，可以结合类似物种的同源基因的大致位点对于目的基因片段所在的DNA进行有限水解，电泳或者层析分离出最邻近目的基因的DNA片段，然后根据对应的目的基因片段的mRNA的序列（可以从 蛋白质产物序列反推）与含有该序列的DNA片段的序列比较即可知道内含子与外显子序列。
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6楼2014-07-03 11:16:03
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

FGENESH在线分析工具可以做无脊椎动物的基因预测，有不少生物的基因组可供选择：
http://linux1.softberry.com/berr ... ;amp;subgroup=gfind
不过在线版本有一定功能限制，而本地安装版是要收费的
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7楼2014-10-20 15:34:52
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childchou

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

3楼正解，一直用的就是这个
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boomshakalaka
8楼2014-10-20 20:58:42
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 11:16:03
可能直接用实验方法更简单，分别用cDNA和基因组的DNA 做模板进行PCR，之后送去测序，cDNA 不包含的序列不就是内含子，如果需要小一些的片段，可以结合类似物种的同源基因的大致位点对于目的基因片段所在的DNA进行有 ...

您好，请问我已经利用PCR的方法获得了cDNA和DNA序列，那么我用什么软件可以比对出内含子和外显子呢？不能用眼直接找吧，基因太长了。多谢。
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9楼2015-03-30 16:39:10
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