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【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
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如题： 如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图 是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？  图片1.png [ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ] |
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wizardfan
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【答案】应助回帖
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我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
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I think so Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/ click "get data" in the left panel, choose UCSC main Select pig in the genome Search for geecee to calculate gc content If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101 |
4楼2013-08-15 17:33:44
wizardfan
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7楼2013-08-19 05:06:58
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你好！谢谢，Galaxy是非常好用的工具。 蛋白编码基因的内含子、外显子和上下游的GC含量我会计算了。但是对于lncRNA仍有点问题。 现在我有lncRNA的gtf和gff两种文件，对于如何计算GC含量我有2个想法，不知道哪个对 1. 第一种就是讲gtf转化为bed，然后使用Extract Features的Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具得到包含内含子的bed文件，然后再转化为gff, 以便用Feature Sequence得到fasta序列。 但是fasta文件为空，提示是“susScr3 290 warnings, 1st is: Unable to fetch the sequence from '9162341' to '543' for chrom '1'. Skipped 290 invalid lines, 1st is #4, "1 bed2gff CUFF.1911.1 9162341 9162884 0 - . CUFF.1911.1;"” 2.第二种就是将gtf过滤得到transcrip和exon的两种文件，然后用Operate on Genomic Intervals里的Subtract工具可以得到内含子的文件，Get flanks 工具可以得到上下游序列。然后就可以计算了。 感觉第二种方法是对的。 By the way，在用第一种方法的时候如果transcription和exon的起始终止位置一样的话，Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具判断内含子的话会出现start 和end相反的情况（比如说正链的内含子应该为0的，可是出现start为1300 end 为300）。不知道这样算不算错误？ 写的有点乱，可能表达不清楚，见谅！ 谢谢你的回复！ |
8楼2013-08-20 01:07:22
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10楼2013-08-20 09:52:50