| 查看: 2359 | 回复: 15 | |||
| 本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | |||
[求助]
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
|
|||
|
如题： 如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图 是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？  图片1.png [ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
284求调剂
已经有10人回复
-
一志愿山东大学药学学硕求调剂
已经有4人回复
-
07化学280分求调剂
已经有4人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有12人回复
-
求材料，环境专业调剂
已经有3人回复
-
335求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有7人回复
-
一志愿吉大化学322求调剂
已经有4人回复
-
环境学硕288求调剂
已经有8人回复
-
341求调剂(一志愿湖南大学070300)
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何根据CDS序列设计引物
已经有3人回复
- 【求助】用cDNA的ORF序列以基因组DNA为模板 做PCR 为何P不出其对应的基因组序列?
已经有8人回复
- 怎样在NCBI中查找一物种的全基因组？
已经有12人回复
- 要P一段基因全长，已知CDS，怎么设计引物啊？
已经有10人回复
- 关于GC含量高的模板
已经有12人回复
- 高GC含量基因片段PCR问题
已经有13人回复
- DNA条形码能用来分析种内的遗传变异、遗传多样性吗？
已经有11人回复
- southern杂交检测基因拷贝数的原理是什么？
已经有19人回复
- GC含量测定相关问题，请教大家一下！！！
已经有5人回复
- 【求助/交流】高GC含量的模板，请问多少含量就算高呢？
已经有10人回复
- 【求助/交流】有哪位知道系统发育研究中测定物种GC含量的意义呀？
已经有5人回复
- 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）
已经有20人回复
- 【求助/交流】基因克隆设计引物
已经有7人回复
- 生物学软件介绍及其下载地址【学生物的会很有用】
已经有24人回复
- 微生物学考研资料1(沈萍版同步）免币分享
已经有67人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
2楼2013-08-15 08:08:24
3楼2013-08-15 08:42:36
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
|
I think so Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/ click "get data" in the left panel, choose UCSC main Select pig in the genome Search for geecee to calculate gc content If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101 |
4楼2013-08-15 17:33:44
5楼2013-08-16 16:54:38
6楼2013-08-18 23:20:39
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
7楼2013-08-19 05:06:58
|
你好！谢谢，Galaxy是非常好用的工具。 蛋白编码基因的内含子、外显子和上下游的GC含量我会计算了。但是对于lncRNA仍有点问题。 现在我有lncRNA的gtf和gff两种文件，对于如何计算GC含量我有2个想法，不知道哪个对 1. 第一种就是讲gtf转化为bed，然后使用Extract Features的Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具得到包含内含子的bed文件，然后再转化为gff, 以便用Feature Sequence得到fasta序列。 但是fasta文件为空，提示是“susScr3 290 warnings, 1st is: Unable to fetch the sequence from '9162341' to '543' for chrom '1'. Skipped 290 invalid lines, 1st is #4, "1 bed2gff CUFF.1911.1 9162341 9162884 0 - . CUFF.1911.1;"” 2.第二种就是将gtf过滤得到transcrip和exon的两种文件，然后用Operate on Genomic Intervals里的Subtract工具可以得到内含子的文件，Get flanks 工具可以得到上下游序列。然后就可以计算了。 感觉第二种方法是对的。 By the way，在用第一种方法的时候如果transcription和exon的起始终止位置一样的话，Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具判断内含子的话会出现start 和end相反的情况（比如说正链的内含子应该为0的，可是出现start为1300 end 为300）。不知道这样算不算错误？ 写的有点乱，可能表达不清楚，见谅！ 谢谢你的回复！ |
8楼2013-08-20 01:07:22
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
9楼2013-08-20 07:24:54
10楼2013-08-20 09:52:50
40