应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
51/1返回列表
查看: 2607  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量

如题：
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图



是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
图片1.png



[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-08-14 22:23:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy

我做的 是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？
赞一下 回复此楼
3楼2013-08-15 08:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy
赞一下 回复此楼
2楼2013-08-15 08:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的 是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101
赞一下 回复此楼
4楼2013-08-15 17:33:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 17:33:44
I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you a ...


Thank you very much!
赞一下 回复此楼
5楼2013-08-16 16:54:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭