24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2396  |  回复: 15
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量

如题:
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量,如下图



是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗?
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量
图片1.png



[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101
4楼2013-08-15 17:33:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy
2楼2013-08-15 08:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy

我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?
3楼2013-08-15 08:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 17:33:44
I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you a ...


Thank you very much!
5楼2013-08-16 16:54:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 284求调剂 +13 让我上岸吧阿西 2026-04-09 13/650 2026-04-13 20:23 by babysonlkd
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +8 慕绝cc 2026-04-09 8/400 2026-04-13 14:08 by 张zhihao
[考研] 材料工程085601,270求调剂 +38 @ASDF1234 2026-04-08 41/2050 2026-04-13 12:53 by 张zhihao
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 33/1650 2026-04-13 08:50 by Sammy2
[考研] 电气工程专硕320求调剂 +5 小麻子111 2026-04-10 5/250 2026-04-12 10:47 by zhouyuwinner
[考研] 305求调剂 +6 77Qi 2026-04-07 6/300 2026-04-12 02:30 by 秋豆菜芽
[考研] 0860004 求调剂 309分 +9 Yin DY 2026-04-08 9/450 2026-04-11 22:55 by dongdian1
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 298求调剂 +5 残荷新柳 2026-04-07 5/250 2026-04-11 11:02 by 紫曦紫棋
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 一志愿北理工298英一数二已上岸,感谢各位老师 +14 Reframe 2026-04-10 16/800 2026-04-10 23:07 by caotw2020
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 282,电气工程专业,求调剂,不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 机械还有还有名额吗?太难了 +6 笑笑袁 2026-04-10 6/300 2026-04-10 11:54 by 高维春
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
[考研] 349学科化学045106求调剂,化学类都可以 +8 保好懂懂 2026-04-08 8/400 2026-04-09 14:03 by xulei3024
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-07 11/550 2026-04-07 15:13 by shdgaomin
信息提示
请填处理意见