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【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
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如题： 如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图 是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？  图片1.png [ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ] |
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你好！谢谢，Galaxy是非常好用的工具。 蛋白编码基因的内含子、外显子和上下游的GC含量我会计算了。但是对于lncRNA仍有点问题。 现在我有lncRNA的gtf和gff两种文件，对于如何计算GC含量我有2个想法，不知道哪个对 1. 第一种就是讲gtf转化为bed，然后使用Extract Features的Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具得到包含内含子的bed文件，然后再转化为gff, 以便用Feature Sequence得到fasta序列。 但是fasta文件为空，提示是“susScr3 290 warnings, 1st is: Unable to fetch the sequence from '9162341' to '543' for chrom '1'. Skipped 290 invalid lines, 1st is #4, "1 bed2gff CUFF.1911.1 9162341 9162884 0 - . CUFF.1911.1;"” 2.第二种就是将gtf过滤得到transcrip和exon的两种文件，然后用Operate on Genomic Intervals里的Subtract工具可以得到内含子的文件，Get flanks 工具可以得到上下游序列。然后就可以计算了。 感觉第二种方法是对的。 By the way，在用第一种方法的时候如果transcription和exon的起始终止位置一样的话，Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具判断内含子的话会出现start 和end相反的情况（比如说正链的内含子应该为0的，可是出现start为1300 end 为300）。不知道这样算不算错误？ 写的有点乱，可能表达不清楚，见谅！ 谢谢你的回复！ |
8楼2013-08-20 01:07:22
wizardfan
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wizardfan
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4楼2013-08-15 17:33:44
